选取同批次的21日龄仔猪,在断奶3 d后采集55份健康仔猪和37份腹泻仔猪的粪便样本,测定短链脂肪酸含量,采用高通量测序技术基于16S rRNA基因分析菌群结构,并分别选择6头腹泻和健康仔猪屠宰采集结肠黏膜样品对炎症因子、腺苷酸环化酶和鸟苷酸环化酶的mRNA表达水平进行检测。结果显示,与健康仔猪相比,腹泻仔猪粪便菌群的香农指数、Chao1指数显著(P<0.05)降低;在门水平上,变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度显著提高,拟杆菌门(Bacteroidota)的相对丰度显著降低;在属水平上,大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)和拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)的相对丰度显著升高,瘤胃球菌属(Ruminococcus)、瘤胃球菌科_uncultured(Ruminococcaceae_uncultured)、普雷沃氏菌科_NK3B31(Prevotellaceae_NK3B31_group)、理研菌科RC9属(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、UCG-010_norank和狭义梭菌属_1(Clostridium_sensu_stricto_1)的相对丰度显著降低。菌群功能预测结果显示,与健康仔猪相比,腹泻仔猪中粪便菌群的糖酵解/糖异生、D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢、D-精氨酸代谢通路的相对丰度显著升高,细菌趋化性,以及缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的生物合成(valine,leucine and isoleucine biosynthesis)通路的相对丰度显著降低。腹泻仔猪粪便中的乙酸、丙酸和丁酸含量较健康仔猪显著降低,且乙酸含量与理研菌科RC9属、UCG-010_norank和瘤胃球菌科_uncultured的相对丰度呈显著正相关,丁酸含量与罗氏菌属(Roseburia)、不动杆菌属(Agathobacter)和狭义梭菌属_1的相对丰度呈显著正相关。与健康仔猪相比,腹泻仔猪肠道中促炎因子——肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和白细胞介素-8(IL-8)的mRNA表达水平显著升高,抗炎因子——白细胞介素-10(IL-10)的mRNA表达水平显著降低(P<0.05),腺苷酸环化酶mRNA的表达水平显著升高。由此可见,断奶健康仔猪与腹泻仔猪的肠道菌群结构与功能存在显著差异,断奶后仔猪肠道中致病菌增加、有益菌减少和短链脂肪酸含量降低,以及促炎因子和腺苷酸环化酶mRNA水平的升高,导致仔猪发生腹泻。