甘肃黑猪H-FABP基因克隆、SNPs筛查及生物信息学分析

doi:10.3969/j.issn.1004-1524.2018.03.04

浙江农业学报 ›› 2018, Vol. 30 ›› Issue (3): 378-385.DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2018.03.04

甘肃黑猪H-FABP基因克隆、SNPs筛查及生物信息学分析

农伟伦, 毕英杰, 李宏旭, 张丽^*

西北民族大学生命科学与工程学院,甘肃兰州 730124

收稿日期:2017-07-14 出版日期:2018-03-20 发布日期:2018-03-21
通讯作者: *张丽,E-mail: zhangli2008@aliyun.com
作者简介:农伟伦(1995—),男,广西凭祥人,本科生,研究方向为生物工程。E-mail: 15101306081@163.com
基金资助:
西北民族大学国家级大学生创新创业训练计划(201710742094)

H-FABP gene cloning, SNPs screening and bioinformatics analysis in Gansu black pig

NONG Weilun, BI Yingjie, LI Hongxu, ZHANG Li^*

College of Life Science and Engineering, Northwest Minzu University, Lanzhou 730124, China

Received:2017-07-14 Online:2018-03-20 Published:2018-03-21

摘要/Abstract

摘要： 采用生物信息学方法从分子水平对甘肃黑猪H-FABP基因编码蛋白质的功能和性质进行分析。采用DNA池和直接测序技术对甘肃黑猪H-FABP基因进行SNPs快速筛查及其编码区蛋白质功能预测。结果表明,甘肃黑猪H-FABP基因编码区全长402 bp,编码133个氨基酸残基,共检测出4个SNPs,分别为C⁷³⁴T-Intron1、T¹⁵²C-Exon2、G³⁰A-Intron2、T¹²¹G-Intron2,其中T¹⁵²C-Exon2为错义突变,氨基酸由原来的异亮氨酸(Ile)转变为苏氨酸(Thr)。生物信息学预测发现,甘肃黑猪H-FABP蛋白是一种稳定的亲水蛋白,蛋白质二三级结构均以β-折叠为主的混合型蛋白。

关键词: 甘肃黑猪, H-FABP基因, SNPs, 等位基因频率, 生物信息学

Abstract: This study uses bioinformatics method to analyze the function and property of H-FABP gene encoding protein of Gansu black pig. DNA pooling and direct sequencing techniques were used for SNPs rapid screening and the function prediction of H-FABP protein of Gansu black pig. The results showed that the CDS region of H-FABP gene in Gansu black pig was 402 bp, encoding 133 amino residues, 4 SNPs in CDS region including C⁷³⁴T-Intron1, T¹⁵²C-Exon2,G³⁰A-Intron2 and T¹²¹G-Intron2. Among them, T¹⁵²C-Exon2 was a missense mutation, and the amino acids were converted from threonine (Ile) to threonine (Thr). The bioinformatics prediction showed that H-FABP protein of Gansu black pig was a stable hydrophilic protein, and the secondary structure and tertiary structure were mixed protein mainly with β-fold.

Key words: Gansu black pig, H-FABP gene, SNPs, allele frequency, bioinformatics

中图分类号:

S828

农伟伦, 毕英杰, 李宏旭, 张丽. 甘肃黑猪H-FABP基因克隆、SNPs筛查及生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2018, 30(3): 378-385.

NONG Weilun, BI Yingjie, LI Hongxu, ZHANG Li. H-FABP gene cloning, SNPs screening and bioinformatics analysis in Gansu black pig[J]. , 2018, 30(3): 378-385.

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H-FABP gene cloning, SNPs screening and bioinformatics analysis in Gansu black pig

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