Asia1型口蹄疫病毒基因组的测序分析

›› 2014, Vol. 26 ›› Issue (2): 0-290296.

• 动物科学 •

Asia1型口蹄疫病毒基因组的测序分析

王琳萱1，陈思敏1，张印红1，*，孙东杰2

1兰州大学公共卫生学院营养与食品卫生研究所，甘肃兰州 730000；2中国农业科学院　兰州兽医研究所/家畜疫病病原生物学国家重点实验室，甘肃　兰州　730046

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2014-03-25 发布日期:2014-07-09

Genome sequencing and analysis in Asia1 serotype strain of footandmouth disease virus

WANG Linxuan;CHEN Simin;ZHANG Yinhong;*;SUN Dongjie

1Nutrition and Food Hygiene Research Institute， College of Public Hygiene， Lanzhou University， Lanzhou 730000， China; 2 Veterinary Research Institute， Chinese Academy of Agricultural Sciences/State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology， Lanzhou 730046， China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2014-03-25 Published:2014-07-09

摘要/Abstract

摘要： 对中国口蹄疫病毒Asia1/JS/2005毒株的全基因组进行了分段扩增并测序。结果表明，该毒株的基因组全长为8 174 nt，其中 5’UTR 为1 092 nt；ORF为6 990 nt；3’UTR为92 nt。利用DNAstar软件对该毒株和Asia1型其他24毒株基因组序列进行同源性分析表明，该毒株的非结构蛋白和5’UTR比较保守。研究还发现了可能与生物学功能相关的新的保守和变异区域。系统树分析表明Asia1/JS/2005， Asia1/1/YZ/2006，Asia1/WHN/2006，Asia1/HN/2006和Asia1/YS/2005属于同一分支，表明这些毒株间有着紧密的遗传关系，其中与其亲缘关系最为密切的是Asia1/YS/2005。

关键词: 口蹄疫病毒, Asia1/JS/2005, 基因组

Abstract: In this study， the whole genome of footandmouth disease virus (FMDV) vaccine strain Asia1/JS/2005 in China was amplified and sequenced. The results showed that the complete genome is 8 174 nt， including a 1 092 nt 5’ untranslated region (UTR)， a 6 990 nt open reading frame and a 92 nt 3’UTR. By using the DNAstar software， homology analysis of genome sequences of strain Asia1/JS/2005 and other 24 Asia1 strains were performed. The results indicated that nonstructural proteins and 5’UTR were more conserved. The data revealed novel highly conserved and variable genomic regions， which was likely associated with biological function. Phylogenetic tree revealed that Asia1/JS/2005 is closely linked with Asia1/1/YZ/2006， Asia1/WHN/2006， Asia1/HN/2006 and Asia1/YS/2005， which suggested that they were genetically associated and Asia1/YS/05 was the most closely related strain with Asia1/JS/2005．

Key words: footandmouth disease virus, Asia1/JS/2005, genome

王琳萱;陈思敏;张印红;*;孙东杰. Asia1型口蹄疫病毒基因组的测序分析[J]. , 2014, 26(2): 0-290296.

WANG Linxuan;CHEN Simin;ZHANG Yinhong;*;SUN Dongjie. Genome sequencing and analysis in Asia1 serotype strain of footandmouth disease virus[J]. , 2014, 26(2): 0-290296.

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Genome sequencing and analysis in Asia1 serotype strain of footandmouth disease virus

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