三种块菌(松露)全基因组密码子使用偏性及其影响因素

doi:10.3969/j.issn.1004-1524.2022.07.11

浙江农业学报 ›› 2022, Vol. 34 ›› Issue (7): 1439-1448.DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2022.07.11

三种块菌(松露)全基因组密码子使用偏性及其影响因素

韩利红(), 田雪莲, 刘潮(), 付小林, 王远献

曲靖师范学院生物资源与食品工程学院,云南省高校特色果酒技术创新与应用工程研究中心,云南曲靖 655011

收稿日期:2021-12-21 出版日期:2022-07-25 发布日期:2022-07-26
作者简介:* 刘潮,E-mail: liuchao_80@163.com
韩利红(1981—),女,河北石家庄人,博士,副教授,研究方向为真菌系统发育与进化。E-mail: hanlihong9527@126.com
通讯作者: 刘潮
基金资助:
国家自然科学基金(32100010);国家自然科学基金(31860005);云南省地方本科高校基础研究联合专项(202001BA070001-002)

Codon usage bias and its influencing factors in the whole genome of three truffles

HAN Lihong(), TIAN Xuelian, LIU Chao(), FU Xiaolin, WANG Yuanxian

Yunnan Engineering Research Center of Fruit Wine, College of Biological Resource and Food Engineering, Qujing Normal University, Qujing 655011, Yunnan, China

Received:2021-12-21 Online:2022-07-25 Published:2022-07-26
Contact: LIU Chao

摘要/Abstract

摘要：

块菌又称松露,为珍稀野生药食兼用的大型真菌,具有极高的营养保健价值。密码子使用偏性分析可为块菌的遗传进化与资源开发提供理论依据。基于黑孢块菌(Tuber melanosporum)、白块菌(T. magnatum)和波氏块菌(T. borchii)的基因组数据,利用CodonW 1.4.2、Mega X软件和EMBOSS在线网站,系统分析3种块菌基因组密码子使用特征及其影响因素。结果显示,3种块菌基因组密码子使用模式高度相似,密码子第3位偏好鸟嘌呤或胞嘧啶(G/C),有效密码子数值较高,其中,黑孢块菌与波氏块菌密码子使用性相似度最高,白块菌鸟嘌呤或胞嘧啶碱基相关参数均较高。3种块菌最优密码子中G/C结尾的分别占81.8%、78.9%和61.9%,三者共有的高频密码子24个,共有的最优密码子14个,均偏好鸟嘌呤或胞嘧啶或胸腺嘧啶结尾的密码子,但总体偏好性不强。奇偶偏性、ENC-GC3s关联、中性绘图和对应性分析显示,3种块菌密码子使用偏性形成受选择压力等多种因素影响,其中黑孢块菌主要受翻译选择压力影响,白块菌主要受翻译选择外的其他因素影响,波氏块菌受选择压力影响相对较弱。研究表明,3种块菌基因组密码子使用模式相似,偏性较弱,表达潜力较低,受多种因素影响,研究结果可为块菌的物种演化研究和遗传育种提供理论基础。

关键词: 块菌, 基因组, 密码子使用偏性, 最优密码子, 选择压力

Abstract:

Truffle is a rare wild macrofungi for both medicine and food, it has high value in nutrition and health care. Codon bias analysis can provide a theoretical basis for genetic evolution and resource development of truffles. Based on the genomic data of Tuber melanosporum, T. magnatum and T. borchii, CodonW 1.4 2, Mega X software, and EMBOSS online website were used to systematically analyze the codon usage bias and influencing factors of the genomes of three truffles. The results showed that the codon usage patterns of the three truffles were highly similar, with a tendency to use the guanine or cytosine ending codons, and the effective number of codons showed high values. Among them, the similarity of codon usage between T. melanosporum and T. borchii was the highest. The guanine or cytosine (G/C) base related parameters of T. magnatum were higher than other two species. Among the optimal codons of the three truffles, the G/C ending codons accounted for 81.8%, 78.9% and 61.9% respectively. 24 high-frequency codons and 14 optimal codons were common in the three truffles. All of them prefer the guanine or cytosine or thymineas ending codons, but the preference was not strong as a whole. The results of Parity Rule 2 plot, ENC-plot, neutrality plot and correspondence analysis showed that the formation of codon bias of the three truffles were mainly affected by multiple factors such as selection pressure. Among them, T. melanosporum was mainly affected by translational selection pressure, and T. magnatum was mainly affected by other factors other than translational selection, and T. borchii was relatively less affected by selection pressure. The results showed that the codon use patterns of the three truffles were similar, and the codon usage bias was weak with low expression potential. The codon bias was mainly affected by multiple factors. The results provided a theoretical basis for species evolution and genetic breeding of truffles.

Key words: truffle, genome, codon usage bias, optimal codon, selection pressure

中图分类号:

S646

韩利红, 田雪莲, 刘潮, 付小林, 王远献. 三种块菌(松露)全基因组密码子使用偏性及其影响因素[J]. 浙江农业学报, 2022, 34(7): 1439-1448.

HAN Lihong, TIAN Xuelian, LIU Chao, FU Xiaolin, WANG Yuanxian. Codon usage bias and its influencing factors in the whole genome of three truffles[J]. Acta Agriculturae Zhejiangensis, 2022, 34(7): 1439-1448.

图/表 8

参考文献 24

[1]	STROJNIK L, GREBENC T, OGRINC N. Species and geographic variability in truffle aromas[J]. Food and Chemical Toxicology, 2020, 142: 111434.
[2]	BONITO G M, GRYGANSKYI A P, TRAPPE J M, et al. A global meta-analysis of Tuber ITS rDNA sequences: species diversity, host associations and long-distance dispersal[J]. Molecular Ecology, 2010, 19(22): 4994-5008. DOI URL
[3]	MELLO A, MURAT C, BONFANTE P. Truffles: much more than a prized and local fungal delicacy[J]. FEMS Microbiology Letters, 2006, 260(1): 1-8. DOI URL
[4]	MURAT C, KUO A L, BARRY K W, et al. Draft genome sequence of Tuber borchii Vittad., a whitish edible truffle[J]. Genome Announcements, 2018, 6(25): e00537-e00518.
[5]	LI X L, ZHANG X P, YE L, et al. LC-MS-based metabolomic approach revealed the significantly different metabolic profiles of five commercial truffle species[J]. Frontiers in Microbiology, 2019, 10: 2227.
[6]	BÜNTGEN U, BAGI I, FEKETE O, et al. New insights into the complex relationship between weight and maturity of Burgundy truffles (Tuber aestivum)[J]. PLoS One, 2017, 12(1): e0170375.
[7]	NIIMI J, DEVEAU A, SPLIVALLO R. Geographical-based variations in white truffle Tuber magnatum aroma is explained by quantitative differences in key volatile compounds[J]. New Phytologist, 2021, 230(4): 1623-1638. DOI URL
[8]	PLOTKIN J B, KUDLA G. Synonymous but not the same: the causes and consequences of codon bias[J]. Nature Reviews Genetics, 2011, 12(1): 32-42. DOI URL
[9]	HIRAOKA Y, KAWAMATA K, HARAGUCHI T, et al. Codon usage bias is correlated with gene expression levels in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe[J]. Genes to Cells: Devoted to Molecular & Cellular Mechanisms, 2009, 14(4): 499-509. DOI URL
[10]	NOVOA E M, RIBAS DE POUPLANA L. Speeding with control: codon usage, tRNAs, and ribosomes[J]. Trends in Genetics, 2012, 28(11): 574-581. DOI URL
[11]	MURAT C, PAYEN T, NOEL B, et al. Pezizomycetes genomes reveal the molecular basis of ectomycorrhizal truffle lifestyle[J]. Nature Ecology & Evolution, 2018, 2(12): 1956-1965.
[12]	MARTIN F, KOHLER A, MURAT C, et al. Périgord black truffle genome uncovers evolutionary origins and mechanisms of symbiosis[J]. Nature, 2010, 464(7291): 1033-1038. DOI URL
[13]	SHARP P M, COWE E. Synonymous codon usage in Saccharomyces cerevisiae[J]. Yeast (Chichester, England), 1991, 7(7): 657-678. DOI URL
[14]	ZHOU J H, LI X R, LAN X, et al. The genetic divergences of codon usage shed new lights on transmission of hepatitis E virus from swine to human[J]. Infection, Genetics and Evolution, 2019, 68: 23-29.
[15]	马孟莉, 张薇, 孟衡玲, 等. 豆蔻属药用植物叶绿体基因组密码子偏性分析[J]. 中草药, 2021, 52(12): 3661-3670.
	MA M L, ZHANG W, MENG H L, et al. Codon bias analysis of chloroplast genome in medicinal plants of Amomum Roxb[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2021, 52(12): 3661-3670. (in Chinese with English abstract)
[16]	SUEOKA N. Translation-coupled violation of Parity Rule 2 in human genes is not the cause of heterogeneity of the DNA G+C content of third codon position[J]. Gene, 1999, 238(1): 53-58. DOI URL
[17]	BONITO G, SMITH M E, NOWAK M, et al. Historical biogeography and diversification of truffles in the Tuberaceae and their newly identified southern hemisphere sister lineage[J]. PLoS One, 2013, 8(1): e52765.
[18]	刘蒙蒙, 邢咏梅, 郭顺星. 基于转录组数据分析药用真菌猪苓密码子使用偏好性[J]. 药学学报, 2020, 55(5): 1050-1055.
	LIU M M, XING Y M, GUO S X. Analysis of codon usage patterns in Polyporus umbellatus based on transcriptome data[J]. Acta Pharmaceutica Sinica, 2020, 55(5): 1050-1055. (in Chinese with English abstract)
[19]	韩利红, 田雪莲, 李雪梅, 等. 蛹虫草基因组密码子使用偏性分析[J]. 食用菌学报, 2021, 28(2): 26-35.
	HAN L H, TIAN X L, LI X M, et al. Analysis of codon usage bias in Cordyceps militaris[J]. Acta Edulis Fungi, 2021, 28(2): 26-35. (in Chinese with English abstract)
[20]	周显臻, 曹支敏, 于丹. 落叶松-杨栅锈菌基因组密码子使用偏好分析[J]. 菌物学报, 2020, 39(2): 289-297.
	ZHOU X Z, CAO Z M, YU D. Codon usage bias analyses of the rust fungus Melampsora larici-Populina genome[J]. Mycosystema, 2020, 39(2): 289-297. (in Chinese with English abstract)
[21]	韩利红, 代冬琴, 赵明玉, 等. 双孢蘑菇基因组密码子的偏好性分析[J]. 菌物学报, 2021, 40(3): 603-615.
	HAN L H, DAI D Q, ZHAO M Y, et al. Codon usage bias analysis of the genome-wide genes encoded in Agaricus bisporus[J]. Mycosystema, 2021, 40(3): 603-615. (in Chinese with English abstract)
[22]	KLIMAN R M, HEY J. The effects of mutation and natural selection on codon bias in the genes of Drosophila[J]. Genetics, 1994, 137(4): 1049-1056. DOI URL
[23]	NYAYANIT D A, YADAV P D, KHARDE R, et al. Natural selection plays an important role in shaping the codon usage of structural genes of the viruses belonging to the Coronaviridae family[J]. Viruses, 2021, 13(1):3.
[24]	WANG H, LIU S, ZHANG B, et al. Analysis of synonymous codon usage bias of Zika virus and its adaption to the hosts[J]. PLoS One, 2016, 11(11):e0166260.

参数Parameter	T3s/%	C3s/%	A3s/%	G3s/%	GC3s/%	GC/%	GC1/%	GC2/%	GC3/%	ENC
黑孢块菌 T. melanosporum	30.59 ±6.75 b	35.00 ±6.98 a	24.73 ±5.80 c	32.79 ±6.55 b	54.30 ±7.45 b	52.19 ±3.55 b	55.43 ±4.34 b	45.04 ±5.88 a	55.83 ±7.24 b	55.80 ±4.38 a
白块菌 T. magnatum	29.69 ±6.77 c	34.92 ±7.52 a	25.00 ±6.50 b	33.35 ±7.02 a	54.79 ±7.55 a	52.70 ±3.52 a	55.69 ±4.26 a	44.97 ±5.82 a	56.90 ±7.07 a	55.41 ±4.62 b
波氏块菌 T. borchii	31.24 ±7.04 a	32.65 ±7.21 b	27.81 ±6.52 a	30.86 ±7.38 c	51.11 ±7.23 c	51.27 ±3.67 c	54.62 ±4.91 c	44.74 ±5.94 b	53.45 ±6.83 c	55.69 ±4.58 a

参数Parameter	T3s/%	C3s/%	A3s/%	G3s/%	GC3s/%	GC/%	GC1/%	GC2/%	GC3/%	ENC
黑孢块菌 T. melanosporum	30.59 ±6.75 b	35.00 ±6.98 a	24.73 ±5.80 c	32.79 ±6.55 b	54.30 ±7.45 b	52.19 ±3.55 b	55.43 ±4.34 b	45.04 ±5.88 a	55.83 ±7.24 b	55.80 ±4.38 a
白块菌 T. magnatum	29.69 ±6.77 c	34.92 ±7.52 a	25.00 ±6.50 b	33.35 ±7.02 a	54.79 ±7.55 a	52.70 ±3.52 a	55.69 ±4.26 a	44.97 ±5.82 a	56.90 ±7.07 a	55.41 ±4.62 b
波氏块菌 T. borchii	31.24 ±7.04 a	32.65 ±7.21 b	27.81 ±6.52 a	30.86 ±7.38 c	51.11 ±7.23 c	51.27 ±3.67 c	54.62 ±4.91 c	44.74 ±5.94 b	53.45 ±6.83 c	55.69 ±4.58 a

氨基酸 Amino acid	密码子 Codon		黑孢块菌T. melanosporum						白块菌T. magnatum						波氏块菌T. borchii
氨基酸 Amino acid	密码子 Codon		基因组 Genome		高表达 HEG		低表达 LEG		基因组 Genome		高表达 HEG		低表达 LEG		基因组 Genome		高表达 HEG	低表达 LEG
丙氨酸Ala	GCA		0.91		0.53		1.00		1.00		0.59		0.98		0.95		0.70	1.05
	GCC		1.07		1.55		1.00		1.05		1.58		1.05		1.05		1.29	1.02
	GCG		0.86		0.67		0.90		0.83		0.61		0.87		0.81		0.63	0.83
	GCT		1.16		1.25		1.10		1.12		1.23		1.09		1.18		1.37	1.10
半胱氨酸Cys	TGC		1.15		1.43		1.09		1.13		1.37		1.07		1.12		1.09	1.05
	TGT		0.85		0.57		0.91		0.87		0.63		0.93		0.88		0.91	0.95
天冬氨酸Asp	GAC		0.88		1.04		0.89		0.88		0.99		0.89		0.87		0.82	0.90
	GAT		1.12		0.96		1.11		1.12		1.01		1.11		1.13		1.18	1.10
谷氨酸Glu	GAA		0.83		0.59		0.89		0.93		0.64		0.86		0.87		0.77	0.92
	GAG		1.17		1.41		1.11		1.07		1.36		1.14		1.13		1.23	1.08
苯丙氨酸Phe	TTC		1.13		1.39		1.05		1.11		1.37		1.07		1.10		1.11	1.03
	TTT		0.87		0.61		0.95		0.89		0.63		0.93		0.90		0.89	0.97
甘氨酸Gly	GGA		0.98		0.84		1.03		1.18		0.98		1.03		1.01		1.03	1.02
	GGC		1.01		1.11		0.96		0.93		0.99		0.97		0.99		0.85	0.99
氨基酸 Amino acid		密码子 Codon		黑孢块菌T. melanosporum						白块菌T. magnatum						波氏块菌T. borchii
氨基酸 Amino acid		密码子 Codon		基因组 Genome		高表达 HEG		低表达 LEG		基因组 Genome		高表达 HEG		低表达 LEG		基因组 Genome	高表达 HEG	低表达 LEG
		GGG		1.05		0.81		1.08		1.04		0.90		1.06		1.06	0.85	1.08
		GGT		0.96		1.24		0.94		0.84		1.13		0.94		0.94	1.28	0.91
组氨酸His		CAC		1.04		1.32		1.02		1.04		1.32		1.04		1.01	1.14	1.01
		CAT		0.96		0.68		0.98		0.96		0.68		0.96		0.99	0.86	0.99
异亮氨酸Ile		ATA		0.60		0.34		0.79		0.72		0.42		0.76		0.63	0.50	0.78
		ATC		1.28		1.66		1.12		1.19		1.57		1.15		1.23	1.27	1.14
		ATT		1.12		1.01		1.09		1.09		1.01		1.09		1.14	1.23	1.08
赖氨酸Lys		AAA		0.83		0.46		0.88		0.86		0.50		0.85		0.79	0.64	0.89
		AAG		1.17		1.54		1.12		1.14		1.50		1.15		1.21	1.36	1.11
亮氨酸Leu		CTA		0.71		0.40		0.83		0.81		0.41		0.79		0.78	0.52	0.87
		CTC		1.44		2.12		1.29		1.34		2.06		1.27		1.40	1.59	1.23
		CTG		0.94		0.84		0.94		0.95		0.86		1.05		0.88	0.70	0.94
		CTT		1.18		1.11		1.11		1.12		1.05		1.13		1.19	1.22	1.16
		TTA		0.52		0.36		0.69		0.62		0.24		0.66		0.58	0.51	0.72
		TTG		1.22		1.18		1.14		1.16		1.38		1.11		1.16	1.47	1.08
甲硫氨酸Met		ATG		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00	1.00	1.00
天冬酰胺Asn		AAC		1.01		1.28		1.01		0.99		1.24		0.99		0.98	1.04	0.97
		AAT		0.99		0.72		0.99		1.01		0.76		1.01		1.02	0.96	1.03
脯氨酸Pro		CCA		1.05		0.76		1.12		1.08		0.75		0.98		1.10	0.92	1.10
		CCC		1.03		1.44		1.00		1.04		1.59		1.06		0.99	1.24	0.99
		CCG		0.92		0.82		0.94		0.89		0.71		0.99		0.85	0.57	0.89
		CCT		0.99		0.99		0.94		0.99		0.95		0.97		1.05	1.27	1.03
谷氨酰胺Gln		CAA		0.93		0.78		0.98		1.03		0.73		0.94		0.96	0.91	0.97
		CAG		1.07		1.22		1.02		0.97		1.27		1.06		1.04	1.09	1.03
精氨酸Arg		AGA		1.09		0.72		1.12		1.31		1.05		1.09		1.16	1.45	1.15
		AGG		1.45		1.44		1.23		1.31		1.67		1.30		1.43	1.70	1.26
		CGA		0.74		0.30		0.89		0.94		0.30		0.90		0.74	0.33	0.88
		CGC		1.06		1.70		1.00		0.91		1.42		0.96		1.04	1.03	0.93
		CGG		0.84		0.49		0.96		0.87		0.38		0.98		0.81	0.40	0.95
		CGT		0.82		1.36		0.79		0.66		1.18		0.77		0.82	1.10	0.83
丝氨酸Ser		AGC		1.00		1.05		0.97		1.05		1.05		1.05		1.00	0.78	1.00
		AGT		0.83		0.57		0.88		0.81		0.65		0.84		0.86	0.92	0.88
		TCA		0.88		0.54		0.99		1.00		0.57		0.94		0.91	0.78	0.99
		TCC		1.25		1.80		1.14		1.18		1.87		1.15		1.19	1.47	1.12
		TCG		0.92		0.71		0.96		0.88		0.64		1.02		0.85	0.48	0.92
		TCT		1.12		1.33		1.07		1.08		1.22		1.00		1.18	1.58	1.09
苏氨酸Thr		ACA		0.94		0.52		1.04		1.02		0.53		1.02		0.97	0.64	1.02
		ACC		1.30		1.90		1.17		1.21		1.92		1.19		1.25	1.60	1.15
		ACG		0.72		0.51		0.80		0.76		0.47		0.81		0.67	0.42	0.78
		ACT		1.04		1.07		0.99		1.02		1.07		0.99		1.11	1.33	1.05
缬氨酸Val		GTA		0.55		0.26		0.74		0.65		0.38		0.68		0.60	0.45	0.73
		GTC		1.15		1.66		1.04		1.09		1.49		1.10		1.12	1.20	1.06
		GTG		0.96		0.73		0.99		1.01		0.92		1.01		0.95	0.97	1.01
		GTT		1.33		1.35		1.23		1.26		1.20		1.20		1.33	1.38	1.21
色氨酸Trp		TGG		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00	1.00	1.00
酪氨酸Tyr		TAC		1.12		1.34		1.08		1.05		1.37		1.10		1.08	1.08	1.02
		TAT		0.88		0.66		0.92		0.95		0.63		0.90		0.92	0.92	0.98
终止子Terminator		TAA		0.91		1.36		1.15		0.78		1.19		1.29		0.96	1.18	1.56
		TAG		1.11		0.99		1.52		0.84		1.14		1.30		1.07	1.07	1.44
		TGA		0.98		0.65		0.33		1.38		0.68		0.41		0.97	0.76	0

氨基酸 Amino acid	密码子 Codon		黑孢块菌T. melanosporum						白块菌T. magnatum						波氏块菌T. borchii
氨基酸 Amino acid	密码子 Codon		基因组 Genome		高表达 HEG		低表达 LEG		基因组 Genome		高表达 HEG		低表达 LEG		基因组 Genome		高表达 HEG	低表达 LEG
丙氨酸Ala	GCA		0.91		0.53		1.00		1.00		0.59		0.98		0.95		0.70	1.05
	GCC		1.07		1.55		1.00		1.05		1.58		1.05		1.05		1.29	1.02
	GCG		0.86		0.67		0.90		0.83		0.61		0.87		0.81		0.63	0.83
	GCT		1.16		1.25		1.10		1.12		1.23		1.09		1.18		1.37	1.10
半胱氨酸Cys	TGC		1.15		1.43		1.09		1.13		1.37		1.07		1.12		1.09	1.05
	TGT		0.85		0.57		0.91		0.87		0.63		0.93		0.88		0.91	0.95
天冬氨酸Asp	GAC		0.88		1.04		0.89		0.88		0.99		0.89		0.87		0.82	0.90
	GAT		1.12		0.96		1.11		1.12		1.01		1.11		1.13		1.18	1.10
谷氨酸Glu	GAA		0.83		0.59		0.89		0.93		0.64		0.86		0.87		0.77	0.92
	GAG		1.17		1.41		1.11		1.07		1.36		1.14		1.13		1.23	1.08
苯丙氨酸Phe	TTC		1.13		1.39		1.05		1.11		1.37		1.07		1.10		1.11	1.03
	TTT		0.87		0.61		0.95		0.89		0.63		0.93		0.90		0.89	0.97
甘氨酸Gly	GGA		0.98		0.84		1.03		1.18		0.98		1.03		1.01		1.03	1.02
	GGC		1.01		1.11		0.96		0.93		0.99		0.97		0.99		0.85	0.99
氨基酸 Amino acid		密码子 Codon		黑孢块菌T. melanosporum						白块菌T. magnatum						波氏块菌T. borchii
氨基酸 Amino acid		密码子 Codon		基因组 Genome		高表达 HEG		低表达 LEG		基因组 Genome		高表达 HEG		低表达 LEG		基因组 Genome	高表达 HEG	低表达 LEG
		GGG		1.05		0.81		1.08		1.04		0.90		1.06		1.06	0.85	1.08
		GGT		0.96		1.24		0.94		0.84		1.13		0.94		0.94	1.28	0.91
组氨酸His		CAC		1.04		1.32		1.02		1.04		1.32		1.04		1.01	1.14	1.01
		CAT		0.96		0.68		0.98		0.96		0.68		0.96		0.99	0.86	0.99
异亮氨酸Ile		ATA		0.60		0.34		0.79		0.72		0.42		0.76		0.63	0.50	0.78
		ATC		1.28		1.66		1.12		1.19		1.57		1.15		1.23	1.27	1.14
		ATT		1.12		1.01		1.09		1.09		1.01		1.09		1.14	1.23	1.08
赖氨酸Lys		AAA		0.83		0.46		0.88		0.86		0.50		0.85		0.79	0.64	0.89
		AAG		1.17		1.54		1.12		1.14		1.50		1.15		1.21	1.36	1.11
亮氨酸Leu		CTA		0.71		0.40		0.83		0.81		0.41		0.79		0.78	0.52	0.87
		CTC		1.44		2.12		1.29		1.34		2.06		1.27		1.40	1.59	1.23
		CTG		0.94		0.84		0.94		0.95		0.86		1.05		0.88	0.70	0.94
		CTT		1.18		1.11		1.11		1.12		1.05		1.13		1.19	1.22	1.16
		TTA		0.52		0.36		0.69		0.62		0.24		0.66		0.58	0.51	0.72
		TTG		1.22		1.18		1.14		1.16		1.38		1.11		1.16	1.47	1.08
甲硫氨酸Met		ATG		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00	1.00	1.00
天冬酰胺Asn		AAC		1.01		1.28		1.01		0.99		1.24		0.99		0.98	1.04	0.97
		AAT		0.99		0.72		0.99		1.01		0.76		1.01		1.02	0.96	1.03
脯氨酸Pro		CCA		1.05		0.76		1.12		1.08		0.75		0.98		1.10	0.92	1.10
		CCC		1.03		1.44		1.00		1.04		1.59		1.06		0.99	1.24	0.99
		CCG		0.92		0.82		0.94		0.89		0.71		0.99		0.85	0.57	0.89
		CCT		0.99		0.99		0.94		0.99		0.95		0.97		1.05	1.27	1.03
谷氨酰胺Gln		CAA		0.93		0.78		0.98		1.03		0.73		0.94		0.96	0.91	0.97
		CAG		1.07		1.22		1.02		0.97		1.27		1.06		1.04	1.09	1.03
精氨酸Arg		AGA		1.09		0.72		1.12		1.31		1.05		1.09		1.16	1.45	1.15
		AGG		1.45		1.44		1.23		1.31		1.67		1.30		1.43	1.70	1.26
		CGA		0.74		0.30		0.89		0.94		0.30		0.90		0.74	0.33	0.88
		CGC		1.06		1.70		1.00		0.91		1.42		0.96		1.04	1.03	0.93
		CGG		0.84		0.49		0.96		0.87		0.38		0.98		0.81	0.40	0.95
		CGT		0.82		1.36		0.79		0.66		1.18		0.77		0.82	1.10	0.83
丝氨酸Ser		AGC		1.00		1.05		0.97		1.05		1.05		1.05		1.00	0.78	1.00
		AGT		0.83		0.57		0.88		0.81		0.65		0.84		0.86	0.92	0.88
		TCA		0.88		0.54		0.99		1.00		0.57		0.94		0.91	0.78	0.99
		TCC		1.25		1.80		1.14		1.18		1.87		1.15		1.19	1.47	1.12
		TCG		0.92		0.71		0.96		0.88		0.64		1.02		0.85	0.48	0.92
		TCT		1.12		1.33		1.07		1.08		1.22		1.00		1.18	1.58	1.09
苏氨酸Thr		ACA		0.94		0.52		1.04		1.02		0.53		1.02		0.97	0.64	1.02
		ACC		1.30		1.90		1.17		1.21		1.92		1.19		1.25	1.60	1.15
		ACG		0.72		0.51		0.80		0.76		0.47		0.81		0.67	0.42	0.78
		ACT		1.04		1.07		0.99		1.02		1.07		0.99		1.11	1.33	1.05
缬氨酸Val		GTA		0.55		0.26		0.74		0.65		0.38		0.68		0.60	0.45	0.73
		GTC		1.15		1.66		1.04		1.09		1.49		1.10		1.12	1.20	1.06
		GTG		0.96		0.73		0.99		1.01		0.92		1.01		0.95	0.97	1.01
		GTT		1.33		1.35		1.23		1.26		1.20		1.20		1.33	1.38	1.21
色氨酸Trp		TGG		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00		1.00	1.00	1.00
酪氨酸Tyr		TAC		1.12		1.34		1.08		1.05		1.37		1.10		1.08	1.08	1.02
		TAT		0.88		0.66		0.92		0.95		0.63		0.90		0.92	0.92	0.98
终止子Terminator		TAA		0.91		1.36		1.15		0.78		1.19		1.29		0.96	1.18	1.56
		TAG		1.11		0.99		1.52		0.84		1.14		1.30		1.07	1.07	1.44
		TGA		0.98		0.65		0.33		1.38		0.68		0.41		0.97	0.76	0

物种Species	坐标轴Axis	GC3s	GC	ENC	Fop
黑孢块菌T. melanosporum	Axis1	0.899^**	0.712^**	-0.238^**	0.241^**
	Axis2	-0.302^**	-0.154^**	0.562^**	-0.668^**
白块菌T. magnatum	Axis1	-0.804^**	-0.559^**	0.393^**	-0.702^**
	Axis2	0.500^**	0.353^**	0.032^**	-0.287^**
波氏块菌T. borchii	Axis1	-0.008	-0.035^**	0.225^**	-0.637^**
	Axis2	0.935^**	0.611^**	-0.109^**	0.339^**

三种块菌(松露)全基因组密码子使用偏性及其影响因素

Codon usage bias and its influencing factors in the whole genome of three truffles

RichHTML

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

图/表 8

参考文献 24

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	陶鹏, 丁小雅, 岳智臣, 赵彦婷, 雷娟利, 胡齐赞, 臧运祥, 李必元. 南瓜果胶含量的全基因组关联分析与候选基因预测[J]. 浙江农业学报, 2025, 37(6): 1244-1251.
[2]	钱明珠, 王申锋, 常晓冉, 胡俊英, 朱红标, 王新平. 河南省2株牛肠道病毒全基因组序列测定与分析[J]. 浙江农业学报, 2025, 37(3): 548-558.
[3]	温枭雄, 舒琴, 鲍梦楠, 闫佳会. 青海省循化县辣椒脉斑驳病毒分离物的全基因组序列克隆与序列分析[J]. 浙江农业学报, 2025, 37(3): 612-620.
[4]	王彬彬, 齐珂珂, 门小明, 徐子伟. 基因组选择技术在猪肉质育种中的应用与展望[J]. 浙江农业学报, 2025, 37(3): 726-735.
[5]	栾海业, 朱琳洁, 李钰, 孟炜, 刘雨倩, 徐肖, 刘方方, 沈会权. 大麦籽粒相关性状全基因组关联分析[J]. 浙江农业学报, 2024, 36(5): 997-1002.
[6]	华涛, 常晨, 李倩文, 张道华, 唐波. 猪细小病毒1~7型全基因组遗传变异[J]. 浙江农业学报, 2024, 36(10): 2193-2203.
[7]	李雪松, 孙达锋, 刘绍雄, 张俊波, 岳万松, 李建英, 华蓉. 基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用[J]. 浙江农业学报, 2024, 36(1): 84-93.
[8]	邹文腾, 刘振红, 杨靖璇, 陆阳阳, 彭开松. 基于细菌全基因组的大口黑鲈源维氏气单胞菌AV040株致病性与耐药性解析[J]. 浙江农业学报, 2023, 35(9): 2068-2078.
[9]	汪梦竹, 杨光美, 吴玉湖, 杨宣叶, 王慧慧, 曹小安, 李勇, 马忠仁, 马晓霞. 三株分离于新生小牛的牛病毒性腹泻病毒株的基因组特征[J]. 浙江农业学报, 2023, 35(8): 1814-1822.
[10]	梁世伟, 王洪凯. 蝉花研究进展[J]. 浙江农业学报, 2023, 35(8): 2013-2022.
[11]	白鼎臣, 赵支飞, 龚雪, 刘源, 牛素贞, 陈正武. 贵州栽培型地方茶树叶片气孔性状全基因组关联分析[J]. 浙江农业学报, 2023, 35(7): 1550-1563.
[12]	寿伟松, 何艳军, 沈佳, 许昕阳. 甜瓜SWEET基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2023, 35(7): 1591-1603.
[13]	罗海林, 袁雷, 闫佳会, 郭青云. 侵染青海辣椒的辣椒隐症病毒2基因组克隆与分析[J]. 浙江农业学报, 2023, 35(6): 1368-1374.
[14]	张加强, 刘慧春, 王杰, 许雯婷, 周江华, 朱开元. 金银花大毛花叶绿体基因组密码子的偏好性分析[J]. 浙江农业学报, 2023, 35(4): 821-830.
[15]	林兴雨, 宋南. 茸毛小长蝽的线粒体基因组测序和分析[J]. 浙江农业学报, 2023, 35(12): 2878-2889.