基于SSR-HRM技术的向日葵DNA指纹图谱构建

doi:10.3969/j.issn.1004-1524.2022.04.03

浙江农业学报 ›› 2022, Vol. 34 ›› Issue (4): 678-686.DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2022.04.03

基于SSR-HRM技术的向日葵DNA指纹图谱构建

刘苡含¹^,²(), 牟青山¹^,², 陈珊宇³, 阮关海³, 胡晋¹^,², 关亚静¹^,²^,^*()

1.浙江大学农业与生物技术学院,浙江杭州 310058
2.海南浙江大学研究院,海南三亚 572025
3.浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所,浙江杭州 310021

收稿日期:2021-06-23 出版日期:2022-04-25 发布日期:2022-04-28
通讯作者: 关亚静
作者简介:*关亚静,E-mail: vcguan@zju.edu.cn
刘苡含(1997—),女,河南柘城人,硕士研究生,主要从事种子科学研究。E-mail: liuyihan@zju.edu.cn
基金资助:
浙江省重点研发计划(2019C02004)

Establishment of DNA fingerprint for sunflower by SSR-HRM technique

LIU Yihan¹^,²(), MOU Qingshan¹^,², CHEN Shanyu³, RUAN Guanhai³, HU Jin¹^,², GUAN Yajing¹^,²^,^*()

1. College of Agriculture and Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou 310058, China
2. Hainan Institute, Zhejiang University, Sanya 572025,Hainan,China
3. Institute of Crops and Nuclear Technology Utilization, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou 310021, China

Received:2021-06-23 Online:2022-04-25 Published:2022-04-28
Contact: GUAN Yajing

摘要/Abstract

摘要：

以浙江省各地种植的32份向日葵种质为材料,利用17对简单重复序列标记引物结合高分辨率熔解曲线技术对32份材料进行遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建。聚类分析结果表明,该32份材料遗传多样性相对较低,大部分材料的亲缘关系与其地理来源、所属类型基本一致。本研究创新了向日葵种质资源的鉴定方法,为进一步利用高分辨率熔解曲线技术鉴定向日葵种质资源奠定了基础。

关键词: 向日葵, SSR分子标记, 高分辨率熔解曲线, 指纹图谱, 遗传多样性

Abstract:

Combined with high-resolution melting curve analysis technology, 17 pairs of core simple sequence repeats (SSR) primers were screened out for genetic diversity analysis and DNA fingerprint construction of 32 sunflower lines collected from Zhejiang Province.The results of cluster analysis showed that genetic diversity among the 32 materials was relatively low, and genetic relationships among most of 32 materials were consistent with their geographical sources and types. This study innovated the identification method of sunflower germplasm resources, and laid a foundation for further research on identification of sunflower germplasm by microsatellite high-resolution melting technique.

Key words: sunflower, SSR markers, high-resolution melting curve, fingerprint map, genetic diversity

中图分类号:

S565.5

刘苡含, 牟青山, 陈珊宇, 阮关海, 胡晋, 关亚静. 基于SSR-HRM技术的向日葵DNA指纹图谱构建[J]. 浙江农业学报, 2022, 34(4): 678-686.

LIU Yihan, MOU Qingshan, CHEN Shanyu, RUAN Guanhai, HU Jin, GUAN Yajing. Establishment of DNA fingerprint for sunflower by SSR-HRM technique[J]. Acta Agriculturae Zhejiangensis, 2022, 34(4): 678-686.

图/表 7

参考文献 18

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编号 No.	名称 Name	类型 Species	特性 Trait	来源 Origin	编号 No.	名称 Name	类型 Species	特性 Trait	来源 Origin
1	油葵M985 Oil sunflower M985	杂交种 Hybrid	油用 Oil	河北 Hebei	17	红晕向日葵 Red sunflower	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
2	油葵T777 Oil sunflower T777	杂交种 Hybrid	油用 Oil	河北 Hebei	18	多头向日葵 Multipoint sunflower	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	江苏 Jiangsu
3	美国至尊矮大头 American best dwarf	杂交种 Hybrid	油用 Oil	香港 Hong Kong	19	玩具熊向日葵 Teddy bear sunflower	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	江苏 Jiangsu
4	YK18-6(油葵杂交组合) YK18-6 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	20	紫色向日葵 Purple sunflower	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	美国 America
	hybrid combination)
5	YK18-9(油葵杂交组合) YK18-9 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	21	全阳改良 Quanyanggailiang	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	日本 Japan
	hybrid combination)
6	YK18-10(油葵杂交组合) YK18-10 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	22	富阳酸橙 Fuyangsuancheng	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	日本 Japan
	hybrid combination)
7	YK18-11(油葵杂交组合) YK18-11 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	23	观赏S5 Ornamental sunflower S5	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
8	YK18-13(油葵杂交组合) YK18-13 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	24	观赏S8 Ornamental sunflower S8	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
9	YK18-15(油葵杂交组合) YK18-15 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	25	观赏S9 Ornamental sunflower S9	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
10	YK18-16(油葵杂交组合) YK18-16 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	26	龙赏葵1号 Longshangkui No.1	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
11	YK18-17(油葵杂交组合) YK18-17 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	27	JZ072	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
12	龙葵杂4号 Longkuiza No.4	杂交种 Hybrid	油用 Oil	黑龙江 Heilongjiang	28	SH361(S粒型) SH361 (S grain shape)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	内蒙 Inner Mongolia
13	龙葵杂8号 Longkuiza No.8	杂交种 Hybrid	油用 Oil	黑龙江 Heilongjiang	29	SH363(S粒型) SH363 (S grain shape)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	内蒙 Inner Mongolia
14	龙葵杂10号 Longkuiza No.10	杂交种 Hybrid	油用 Oil	黑龙江 Heilongjiang	30	S116(食葵杂交组合) S116 (Edible sunflower hybrid combination)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	黑龙江 Heilongjiang
15	龙赏葵5号 Longshangkui No.5	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang	31	S117(食葵杂交组合) S117 (Edible sunflower hybrid combination)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	黑龙江 Heilongjiang
16	龙赏葵7号 Longshangkui No.7	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang	32	S144(食葵杂交组合) S144 (Edible sunflower hybrid combination)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	黑龙江 Heilongjiang

编号 No.	名称 Name	类型 Species	特性 Trait	来源 Origin	编号 No.	名称 Name	类型 Species	特性 Trait	来源 Origin
1	油葵M985 Oil sunflower M985	杂交种 Hybrid	油用 Oil	河北 Hebei	17	红晕向日葵 Red sunflower	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
2	油葵T777 Oil sunflower T777	杂交种 Hybrid	油用 Oil	河北 Hebei	18	多头向日葵 Multipoint sunflower	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	江苏 Jiangsu
3	美国至尊矮大头 American best dwarf	杂交种 Hybrid	油用 Oil	香港 Hong Kong	19	玩具熊向日葵 Teddy bear sunflower	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	江苏 Jiangsu
4	YK18-6(油葵杂交组合) YK18-6 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	20	紫色向日葵 Purple sunflower	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	美国 America
	hybrid combination)
5	YK18-9(油葵杂交组合) YK18-9 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	21	全阳改良 Quanyanggailiang	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	日本 Japan
	hybrid combination)
6	YK18-10(油葵杂交组合) YK18-10 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	22	富阳酸橙 Fuyangsuancheng	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	日本 Japan
	hybrid combination)
7	YK18-11(油葵杂交组合) YK18-11 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	23	观赏S5 Ornamental sunflower S5	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
8	YK18-13(油葵杂交组合) YK18-13 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	24	观赏S8 Ornamental sunflower S8	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
9	YK18-15(油葵杂交组合) YK18-15 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	25	观赏S9 Ornamental sunflower S9	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
10	YK18-16(油葵杂交组合) YK18-16 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	26	龙赏葵1号 Longshangkui No.1	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
11	YK18-17(油葵杂交组合) YK18-17 (Oil sunflower	杂交种 Hybrid	油用 Oil	吉林 Jilin	27	JZ072	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang
	hybrid combination)
12	龙葵杂4号 Longkuiza No.4	杂交种 Hybrid	油用 Oil	黑龙江 Heilongjiang	28	SH361(S粒型) SH361 (S grain shape)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	内蒙 Inner Mongolia
13	龙葵杂8号 Longkuiza No.8	杂交种 Hybrid	油用 Oil	黑龙江 Heilongjiang	29	SH363(S粒型) SH363 (S grain shape)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	内蒙 Inner Mongolia
14	龙葵杂10号 Longkuiza No.10	杂交种 Hybrid	油用 Oil	黑龙江 Heilongjiang	30	S116(食葵杂交组合) S116 (Edible sunflower hybrid combination)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	黑龙江 Heilongjiang
15	龙赏葵5号 Longshangkui No.5	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang	31	S117(食葵杂交组合) S117 (Edible sunflower hybrid combination)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	黑龙江 Heilongjiang
16	龙赏葵7号 Longshangkui No.7	杂交种 Hybrid	观赏 Ornamental	黑龙江 Heilongjiang	32	S144(食葵杂交组合) S144 (Edible sunflower hybrid combination)	杂交种 Hybrid	食用 Edible	黑龙江 Heilongjiang

编号 No.	标记名 Marker name	上游引物 Forward primer (5'-3')	下游引物 Reverse primer (5'-3')	位置 Position	等位基因数量 Number of alleles
1	ORS543	CCAAGTTTCAGTTACAATCCATGA	GGTCATTAGGAGTTTGGGATCA	Linkage group 1	5
2	ORS456	CCAAGGAATTCTAACAAGAGTTTAAG	GATTTCTCACTTCACTCCTCTATGC	Linkage group 8	3
3	ORS342	CACCAGCATAGCCATTCAAA	TGTTCATCAGGTTTGTCTCCA	Linkage group 2	3
4	ORS656	ACGGACGTAGAGTGGTGGAG	TCGTGGTAAGGGAAGACAACA	Linkage group 16	6
5	ORS844	ACGATGCAAAGAATATACTGCAC	CATGTTTAATAGGTTTTAATTCTAGGG	Linkage group 9	4
6	ORS505	AGTGATGGCATTCCCAATTT	GTGCGTTGGCTCTTATGGAT	Linkage group5	5
7	ORS665	GCACATGAGGTATGGATCTCCT	TGCAAATACAACTCGGGAAA	Linkage group 3	5
8	ORS899	CGAATACAGACTCGATAAACGACA	GCCACGTATAACTGACTATGACCA	Linkage group 16	5
9	ORS229	GACCCGAATGAGACCCAAACTG	TCCGACCCGAATCTTATGAACC	Linkage group 2	5
10	ORS1265	ACCCTTGGAGTTTAGGGATCA	GGGTTTAGCAAATAATAGGCACA	Linkage group 9	7
11	ORS925	ATGATTCTAAGTTGCGGTAGTGC	GTTGGGTTTAAGTTGTTGCTTCC	Linkage group 2	7
12	ORS894	TGCATTACCTAATTTCTAGTGGGTTT	TTTCCTCATGATCCCGATTCTAT	Linkage group 8	4
13	ORS938	ACCAACTCCCATGCAACCTAA	GCGTTCTCACCGTTCTAACACTT	Linkage group 9	5
14	ORS1161	CAACTACGTCACGATACTCGCC	GGAGCTGAAGCTGAAGACAAATC	Linkage group 8	5
15	ORS691	ACCGTCCTTAGCTCTTGTGAG	GCATCTGAGCAACTGCGTTA	Linkage group 10	3
16	ORS423	AAGCAACCATAATGCATCAGAA	TCATATGGAGGGATCTGTTGG	Linkage group 2	4
17	ORS1114	AGATGGTGGCAGGAGAGTTAAAG	GCAGAAACAGATCAGGAGGGTAT	Linkage group 3	3

编号 No.	标记名 Marker name	上游引物 Forward primer (5'-3')	下游引物 Reverse primer (5'-3')	位置 Position	等位基因数量 Number of alleles
1	ORS543	CCAAGTTTCAGTTACAATCCATGA	GGTCATTAGGAGTTTGGGATCA	Linkage group 1	5
2	ORS456	CCAAGGAATTCTAACAAGAGTTTAAG	GATTTCTCACTTCACTCCTCTATGC	Linkage group 8	3
3	ORS342	CACCAGCATAGCCATTCAAA	TGTTCATCAGGTTTGTCTCCA	Linkage group 2	3
4	ORS656	ACGGACGTAGAGTGGTGGAG	TCGTGGTAAGGGAAGACAACA	Linkage group 16	6
5	ORS844	ACGATGCAAAGAATATACTGCAC	CATGTTTAATAGGTTTTAATTCTAGGG	Linkage group 9	4
6	ORS505	AGTGATGGCATTCCCAATTT	GTGCGTTGGCTCTTATGGAT	Linkage group5	5
7	ORS665	GCACATGAGGTATGGATCTCCT	TGCAAATACAACTCGGGAAA	Linkage group 3	5
8	ORS899	CGAATACAGACTCGATAAACGACA	GCCACGTATAACTGACTATGACCA	Linkage group 16	5
9	ORS229	GACCCGAATGAGACCCAAACTG	TCCGACCCGAATCTTATGAACC	Linkage group 2	5
10	ORS1265	ACCCTTGGAGTTTAGGGATCA	GGGTTTAGCAAATAATAGGCACA	Linkage group 9	7
11	ORS925	ATGATTCTAAGTTGCGGTAGTGC	GTTGGGTTTAAGTTGTTGCTTCC	Linkage group 2	7
12	ORS894	TGCATTACCTAATTTCTAGTGGGTTT	TTTCCTCATGATCCCGATTCTAT	Linkage group 8	4
13	ORS938	ACCAACTCCCATGCAACCTAA	GCGTTCTCACCGTTCTAACACTT	Linkage group 9	5
14	ORS1161	CAACTACGTCACGATACTCGCC	GGAGCTGAAGCTGAAGACAAATC	Linkage group 8	5
15	ORS691	ACCGTCCTTAGCTCTTGTGAG	GCATCTGAGCAACTGCGTTA	Linkage group 10	3
16	ORS423	AAGCAACCATAATGCATCAGAA	TCATATGGAGGGATCTGTTGG	Linkage group 2	4
17	ORS1114	AGATGGTGGCAGGAGAGTTAAAG	GCAGAAACAGATCAGGAGGGTAT	Linkage group 3	3

基于SSR-HRM技术的向日葵DNA指纹图谱构建

Establishment of DNA fingerprint for sunflower by SSR-HRM technique

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品种编号 Accession number	17对SSR核心标记 17 pairs of SSR core markers
品种编号 Accession number	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17
1	1	1	1	2	1	1	4	1	1	1	1	1	2	1	1	1	1
2	1	1	0	2	1	1	4	1	1	1	1	1	2	1	1	1	1
3	1	1	1	2	1	2	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	1
4	1	4	1	1	1	5	1	4	1	1	2	2	2	1	1	3	5
5	1	2	4	1	2	3	4	1	1	1	2	1	2	2	1	5	2
6	1	1	2	1	2	1	1	2	1	1	1	2	3	1	2	2	3
7	1	2	2	1	2	3	1	3	1	1	1	6	3	1	2	1	2
8	1	6	1	1	1	7	2	1	1	1	1	1	3	1	2	1	2
9	1	1	1	5	2	1	2	1	2	1	3	2	2	4	4	1	3
10	1	3	1	1	1	1	3	1	1	1	2	1	2	2	4	1	3
11	1	4	2	1	1	1	4	3	1	1	1	2	3	1	5	1	2
12	1	1	1	1	2	8	1	1	2	1	1	1	2	2	2	1	3
13	1	1	1	1	4	3	3	2	2	1	1	1	1	1	1	2	1
14	1	1	1	1	3	4	3	2	1	1	1	1	1	1	2	2	1
15	1	2	2	0	1	2	3	1	1	1	2	1	1	2	3	3	1
16	1	1	1	2	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	1	1	1
17	2	3	2	2	3	6	1	2	3	1	1	3	1	2	2	2	1
18	1	5	1	8	5	6	6	1	1	3	1	5	1	2	3	8	1
19	1	4	2	1	3	1	5	3	2	1	2	8	1	3	4	9	6
20	1	1	1	6	6	0	7	5	2	2	2	4	4	2	1	10	3
21	1	1	1	3	2	3	1	3	2	1	1	1	2	2	1	6	1
22	1	1	2	3	2	1	1	1	1	1	1	1	1	1	6	4	4
23	1	2	1	4	1	1	2	2	2	1	2	1	1	1	5	11	6
24	1	2	2	1	2	1	2	1	2	1	2	1	1	3	5	3	1
25	1	7	1	7	1	3	3	1	4	2	2	3	1	1	2	4	1
26	1	2	1	1	3	2	2	2	1	1	2	1	1	1	5	1	0
27	1	1	1	1	2	4	3	4	3	1	1	3	1	1	2	6	2
28	1	2	2	2	1	2	2	1	2	1	2	2	1	2	4	1	1
29	2	2	3	2	2	1	3	1	3	1	2	2	2	2	3	1	1
30	1	3	2	3	2	1	1	2	2	1	1	1	1	1	2	7	1
31	1	3	3	4	2	1	1	1	2	1	2	7	2	2	3	1	1
32	1	1	3	1	1	2	2	2	1	1	2	1	1	1	3	0	1

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