浙江农业学报 ›› 2021, Vol. 33 ›› Issue (12): 2304-2312.DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2021.12.10
收稿日期:2020-12-29
出版日期:2021-12-25
发布日期:2022-01-10
作者简介:* 郑强,E-mail: 106062077@qq.com通讯作者:
郑强
基金资助:
LIN Mengjie1,2(
), WEN Huiping1, XIAO Jianzhong1, ZHENG Qiang1,*(
)
Received:2020-12-29
Online:2021-12-25
Published:2022-01-10
Contact:
ZHENG Qiang
摘要:
为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳检测技术,从945对芸薹属SSR引物中筛选出20对引物作为青花菜品种的核心SSR引物。利用该套核心SSR引物在48份青花菜主要栽培品种中共扩增出等位基因位点79个,平均每对引物扩增得到等位基因与基因型数量为3.95、5.55个;引物多态性信息含量(PIC)介于0.302~0.750,平均为0.547;20对核心SSR引物的杂合度介于0.350 0~0.784 9,均值为0.608 2。用该套核心SSR引物构建的48份青花菜品种的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可表征一个品种,该指纹图谱为青花菜品种鉴定与资源保护提供了科学依据。
中图分类号:
林朦婕, 温慧萍, 肖建中, 郑强. 四十八份青花菜品种SSR指纹图谱构建[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(12): 2304-2312.
LIN Mengjie, WEN Huiping, XIAO Jianzhong, ZHENG Qiang. Construction of DNA fingerprint for 48 broccoli cultivars[J]. Acta Agriculturae Zhejiangensis, 2021, 33(12): 2304-2312.
| 编号 Code | 品种名称 Cultivar name | 性状 Characteristics | 来源 Origin | 编号 code | 品种名称 Cultivar name | 性状 Characteristics | 来源 Origin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| B1 | 炎秀 Enlish name unknown | 中熟,耐热 Medium maturity, heat tolerance | 日本 Japan | B25 | 绿新1号 Lyuxin 1 | 早熟 Early maturity | 中国 China |
| B2 | 优秀 Enlish name unknown | 早熟 Early maturity | 日本 Japan | B26 | 绿新55 Lyuxin 55 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
| B3 | 耐寒优秀 Enlish name unknown | 中早熟,耐寒 Middle-early maturity, cold tolerance | 日本 Japan | B27 | 福绿 Fulyu | 中晚熟,不耐寒 Middle-late maturity, non-cold tolerance | 中国 China |
| B4 | 阳光 Enlish name unknown | 中早熟 Middle-early maturity | 日本 Japan | B28 | 园博园 Yuanboyuan | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
| B5 | 喜鹊 Enlish name unknown | 中早熟 Middle-early maturity | 日本 Japan | B29 | 奇秀 Qixiu | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China |
| B6 | 幸运1705 bejo1705 | 早熟 Early maturity | 荷兰 Holland | B30 | 奇绿 Qilyu | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China |
| B7 | 黛兰诺85 Covina | 中熟 Medium maturity | 荷兰 Holland | B31 | 绿剑100 Lyujian 100 | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China |
| B8 | B1199 | 中熟 Medium maturity | 美国 America | B32 | 绿剑2号 Lyujian 2 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B9 | SV1808 | 中晚熟 Middle-late maturity | 美国 America | B33 | 绿剑5号 Lyujian 5 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B10 | 南秀366 Contriubtor | 中熟 Medium maturity | 美国 America | B34 | 黄金绿富士 Huangjinlyufushi | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China |
| B11 | 万宝金 Wanbaojin | 中熟,耐热 Medium maturity, heat tolerance | 中国 China | B35 | 马尼拉 Manila | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B12 | TBR-800 | 中晚熟 Middle-late maturity | 日本 Japan | B36 | 绿宝石 Lyubaoshi | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B13 | Tatuno-3 | 中晚熟 Middle-late maturity | 日本 Japan | B37 | 绿冠304 Lyuguan 304 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
| B14 | 绿雄90 TSX-8720 | 中晚熟 Middle-late maturity | 日本 Japan | B38 | 绿冠305 Lyuguan 305 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B15 | 多福70 Duofu70 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China | B39 | 绿冠307 Lyuguan 307 | 中晚熟,抗病 Middle-late maturity, disease resistance | 中国 China |
| B16 | 蔓陀绿 Montop | 早熟 Early maturity | 瑞士 Switzerland | B40 | 绿冠90 Lyuguan 90 | 晚熟 Late maturity | 中国 China |
| B17 | 撒利奥55 SJD4149 | 早熟 Early maturity | 瑞士 Switzerland | B41 | 文兴 Wenxing | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B18 | 撒利奥887 Montevidoe | 晚熟 Late maturity | 瑞士 Switzerland | B42 | 翠绿90 Cuilyu 90 | 晚熟 Late maturity | 中国 China |
| B19 | 台绿1号 Tailv 1 | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China | B43 | 绿丽80 Lyuli 80 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B20 | 台绿2号 Tailv 2 | 早熟 Early maturity | 中国 China | B44 | 浙青95 Zheqing 95 | 晚熟 Late maturity | 中国 China |
| B21 | 台绿5号 Tailv 5 | 晚熟 Late maturity | 中国 China | B45 | 艳秀 Yanxiu | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
| B22 | 青花65 Qinghua 65 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China | B46 | 万宝绿 Wanbaolyu | 中早熟,耐寒 Middle-early maturity, cold tolerance | 中国 China |
| B23 | 马拉松 Enlish name unknown | 中晚熟 Middle-late maturity | 韩国 Korea | B47 | 台绿3号 Tailyu 3 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B24 | 青鹤 Enlish name unknown | 中晚熟 Middle-late maturity | 韩国 Korea | B48 | 中青8号 Zhongqing 8 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
表1 四十八份青花菜代表品种特性与来源
Table 1 Characteristics and origin of 48 broccoli cultivars
| 编号 Code | 品种名称 Cultivar name | 性状 Characteristics | 来源 Origin | 编号 code | 品种名称 Cultivar name | 性状 Characteristics | 来源 Origin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| B1 | 炎秀 Enlish name unknown | 中熟,耐热 Medium maturity, heat tolerance | 日本 Japan | B25 | 绿新1号 Lyuxin 1 | 早熟 Early maturity | 中国 China |
| B2 | 优秀 Enlish name unknown | 早熟 Early maturity | 日本 Japan | B26 | 绿新55 Lyuxin 55 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
| B3 | 耐寒优秀 Enlish name unknown | 中早熟,耐寒 Middle-early maturity, cold tolerance | 日本 Japan | B27 | 福绿 Fulyu | 中晚熟,不耐寒 Middle-late maturity, non-cold tolerance | 中国 China |
| B4 | 阳光 Enlish name unknown | 中早熟 Middle-early maturity | 日本 Japan | B28 | 园博园 Yuanboyuan | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
| B5 | 喜鹊 Enlish name unknown | 中早熟 Middle-early maturity | 日本 Japan | B29 | 奇秀 Qixiu | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China |
| B6 | 幸运1705 bejo1705 | 早熟 Early maturity | 荷兰 Holland | B30 | 奇绿 Qilyu | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China |
| B7 | 黛兰诺85 Covina | 中熟 Medium maturity | 荷兰 Holland | B31 | 绿剑100 Lyujian 100 | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China |
| B8 | B1199 | 中熟 Medium maturity | 美国 America | B32 | 绿剑2号 Lyujian 2 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B9 | SV1808 | 中晚熟 Middle-late maturity | 美国 America | B33 | 绿剑5号 Lyujian 5 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B10 | 南秀366 Contriubtor | 中熟 Medium maturity | 美国 America | B34 | 黄金绿富士 Huangjinlyufushi | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China |
| B11 | 万宝金 Wanbaojin | 中熟,耐热 Medium maturity, heat tolerance | 中国 China | B35 | 马尼拉 Manila | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B12 | TBR-800 | 中晚熟 Middle-late maturity | 日本 Japan | B36 | 绿宝石 Lyubaoshi | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B13 | Tatuno-3 | 中晚熟 Middle-late maturity | 日本 Japan | B37 | 绿冠304 Lyuguan 304 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
| B14 | 绿雄90 TSX-8720 | 中晚熟 Middle-late maturity | 日本 Japan | B38 | 绿冠305 Lyuguan 305 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B15 | 多福70 Duofu70 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China | B39 | 绿冠307 Lyuguan 307 | 中晚熟,抗病 Middle-late maturity, disease resistance | 中国 China |
| B16 | 蔓陀绿 Montop | 早熟 Early maturity | 瑞士 Switzerland | B40 | 绿冠90 Lyuguan 90 | 晚熟 Late maturity | 中国 China |
| B17 | 撒利奥55 SJD4149 | 早熟 Early maturity | 瑞士 Switzerland | B41 | 文兴 Wenxing | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B18 | 撒利奥887 Montevidoe | 晚熟 Late maturity | 瑞士 Switzerland | B42 | 翠绿90 Cuilyu 90 | 晚熟 Late maturity | 中国 China |
| B19 | 台绿1号 Tailv 1 | 中晚熟 Middle-late maturity | 中国 China | B43 | 绿丽80 Lyuli 80 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B20 | 台绿2号 Tailv 2 | 早熟 Early maturity | 中国 China | B44 | 浙青95 Zheqing 95 | 晚熟 Late maturity | 中国 China |
| B21 | 台绿5号 Tailv 5 | 晚熟 Late maturity | 中国 China | B45 | 艳秀 Yanxiu | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
| B22 | 青花65 Qinghua 65 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China | B46 | 万宝绿 Wanbaolyu | 中早熟,耐寒 Middle-early maturity, cold tolerance | 中国 China |
| B23 | 马拉松 Enlish name unknown | 中晚熟 Middle-late maturity | 韩国 Korea | B47 | 台绿3号 Tailyu 3 | 中熟 Medium maturity | 中国 China |
| B24 | 青鹤 Enlish name unknown | 中晚熟 Middle-late maturity | 韩国 Korea | B48 | 中青8号 Zhongqing 8 | 中早熟 Middle-early maturity | 中国 China |
图1 八对引物对12份青花菜品种的扩增 十二份青花菜品种依次为B1~B8、B10~B12、B16。
Fig. 1 Result of 12 broccoli cultivars amplified with eight SSR primer pairs 12 broccoli varieties were B1-B8, B10-B12 and B16 in sequence.
图2 引物CB10234(A)、Na12A02(B)在12份青花菜品种中检测到的等位基因类型
Fig.2 Different types of alleles detected in 12 broccoli cultivars based on primer CB10234 (A) and Na12A02 (B)
| 引物 Primer | 染色体位置 Chromosomal location | 等位基因数量 Alleles No. | 基因型数量 Genotype No. | 杂合度 Heterozygosity | PIC值 PIC value |
|---|---|---|---|---|---|
| Na10H03c | C1 | 3 | 5 | 0.561 0 | 0.477 |
| BnEMS0886 | C1 | 3 | 6 | 0.654 3 | 0.580 |
| BoGMS1162 | C1 | 4 | 5 | 0.488 7 | 0.451 |
| BoSF239 | C2 | 3 | 3 | 0.451 2 | 0.349 |
| BoSF2725 | C2 | 4 | 5 | 0.665 8 | 0.612 |
| MR049B | C3 | 2 | 3 | 0.375 0 | 0.304 |
| BRMSo71 | C3 | 5 | 5 | 0.682 1 | 0.628 |
| BoE718 | C3 | 5 | 10 | 0.722 9 | 0.672 |
| sORF74 | C4 | 5 | 8 | 0.620 0 | 0.577 |
| CB10288 | C4 | 5 | 6 | 0.696 4 | 0.646 |
| BoSF259 | C5 | 3 | 4 | 0.617 0 | 0.537 |
| BoGMS0949 | C5 | 3 | 6 | 0.637 8 | 0.565 |
| Na12A02 | C6 | 4 | 5 | 0.613 1 | 0.566 |
| CB10234 | C6 | 5 | 6 | 0.738 5 | 0.697 |
| CNU400 | C7 | 5 | 6 | 0.784 9 | 0.750 |
| BoE723 | C7 | 4 | 5 | 0.693 8 | 0.637 |
| CB10139 | C8 | 4 | 9 | 0.708 1 | 0.657 |
| CB10028 | C8 | 2 | 3 | 0.468 8 | 0.359 |
| CB10064 | C9 | 6 | 7 | 0.635 2 | 0.572 |
| BoSF2686 | C9 | 4 | 4 | 0.350 0 | 0.302 |
表2 二十对核心SSR引物多态性信息
Table 2 Polymorphism information of 20 pairs of core SSR primer
| 引物 Primer | 染色体位置 Chromosomal location | 等位基因数量 Alleles No. | 基因型数量 Genotype No. | 杂合度 Heterozygosity | PIC值 PIC value |
|---|---|---|---|---|---|
| Na10H03c | C1 | 3 | 5 | 0.561 0 | 0.477 |
| BnEMS0886 | C1 | 3 | 6 | 0.654 3 | 0.580 |
| BoGMS1162 | C1 | 4 | 5 | 0.488 7 | 0.451 |
| BoSF239 | C2 | 3 | 3 | 0.451 2 | 0.349 |
| BoSF2725 | C2 | 4 | 5 | 0.665 8 | 0.612 |
| MR049B | C3 | 2 | 3 | 0.375 0 | 0.304 |
| BRMSo71 | C3 | 5 | 5 | 0.682 1 | 0.628 |
| BoE718 | C3 | 5 | 10 | 0.722 9 | 0.672 |
| sORF74 | C4 | 5 | 8 | 0.620 0 | 0.577 |
| CB10288 | C4 | 5 | 6 | 0.696 4 | 0.646 |
| BoSF259 | C5 | 3 | 4 | 0.617 0 | 0.537 |
| BoGMS0949 | C5 | 3 | 6 | 0.637 8 | 0.565 |
| Na12A02 | C6 | 4 | 5 | 0.613 1 | 0.566 |
| CB10234 | C6 | 5 | 6 | 0.738 5 | 0.697 |
| CNU400 | C7 | 5 | 6 | 0.784 9 | 0.750 |
| BoE723 | C7 | 4 | 5 | 0.693 8 | 0.637 |
| CB10139 | C8 | 4 | 9 | 0.708 1 | 0.657 |
| CB10028 | C8 | 2 | 3 | 0.468 8 | 0.359 |
| CB10064 | C9 | 6 | 7 | 0.635 2 | 0.572 |
| BoSF2686 | C9 | 4 | 4 | 0.350 0 | 0.302 |
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