为研究浙江省温州水牛的遗传多样性,采用ISSR分子标记技术,分析了采自浙江平阳、瑞安、永嘉、乐清、温州等地温州水牛血液样本。从22条引物中筛选出9条多态性引物,9条ISSR引物共获得ISSR位点186个,其中多态性位点154个,多态位点百分率(PPL) 为82.80%,等位基因数(Na)为1.8420,有效等位基因数(Ne)为1.5702,Neis基因多样性(H)为0.3108,Shannons指数(I)为0.4687,均高于个体水平;种群内和种群间Neis基因多样性计算遗传分化水平(Gst)为0.1840,表明温州水牛种群间存在着较高的遗传多样性,遗传变异中有1840%发生于群体间。UPGMA聚类分析结果同样也表明温州水牛种群间的遗传分化水平较低,遗传变异主要存在于种群的个体间。