白桦伸展素蛋白结构分析及同源建模

浙江农业学报

白桦伸展素蛋白结构分析及同源建模

（牡丹江师范学院生命科学与技术学院，黑龙江牡丹江157011）

出版日期:2014-09-25 发布日期:2014-10-11

Structure analysis and homology modeling of extensin protein from Betula phatyphylla

（College of Life Sciences and Technology， Mudanjiang Normal College， Mudanjiang 157011， China）

Online:2014-09-25 Published:2014-10-11

摘要/Abstract

摘要： 以白桦伸展素蛋白序列为研究材料，利用生物信息学方法分析该蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水性、跨膜区、二级结构和三级结构等性质，并将其同黑杨、棉花、大豆的伸展素蛋白进行比对和同源分析。结果表明，该蛋白的分子式为C680H1099N195O195S11，为亲水性、不稳定的非跨膜蛋白，主要构件为α\|螺旋和无规则卷曲，与黑杨有较高的同源性。

关键词: 白桦, 伸展素, 生物信息学

Abstract: By using bioinformatics methods and tools， the physical and chemical properties， transmembrane， hydrophobicity and hyrdrophilicity， secondary structure and tertiary structure of extensin protein of Betula phatyphylla were analyzed and then compared with other species in this paper. The result showed that the molecular formula is C680H1099N195O195S11. Extensin protein is hydrophilic and not transmembrane protein， whose main component is α\|helix and random coil and similar to Populus nigra.

Key words: Betula phatyphylla, extensin, bioinformatics

郝爱平. 白桦伸展素蛋白结构分析及同源建模 [J]. 浙江农业学报.

HAO Ai\|ping. Structure analysis and homology modeling of extensin protein from Betula phatyphylla [J]. .

[1]	赵秀平, 王双, 闫星伊, 段强, 张帅, 陈永胜, 李国瑞. 稻瘟病菌MGG-01005的表达纯化与生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(3): 470-478.
[2]	梁丽琴, 杨瑞, 郜刚. 马铃薯StUOXs基因家族的生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(9): 1523-1532.
[3]	杜炎斌, 张港琛, 王瑜欣, 刘宝宝, 宫胜龙, 东笑, 汪洋. 猪链球菌rpoE基因克隆及生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(7): 1149-1154.
[4]	吴佳, 陈朗, 姜涛, 黄国明, 李倬, 李耀东, 张丽, 刘丽霞. 奶牛CSF3基因遗传多态性筛查及其生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(6): 986-993.
[5]	王元红, 邢雪, 李传峰, 朱杰, 王勇, 刘光清. 猫传染性腹膜炎病毒AH1905株N基因的生物信息学分析及原核表达[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(3): 406-414.
[6]	王小朋, 赵靓, 刘自敏, 白彩霞, 杨侃侃, 张达, 孙裴, 蒋书东, 李永东, 王勇. 猪细小病毒7型Cap基因原核表达与生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(2): 200-209.
[7]	谭光辉, 覃媛钰, 李杰章, 吴磊, 岳雍, 张依裕. 樱桃谷鸭ATF4基因SNPs筛查及生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(2): 218-225.
[8]	秦玲, 张鑫, 荣春笑, 莫传园, 范露, 闫婕, 孟莹, 张满让. 苹果多胺氧化酶(PAO)基因家族鉴定与表达分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(2): 262-273.
[9]	刘加林, 刘士力, 蒋文枰, 程顺, 迟美丽, 郑建波, 贾永义, 赵金良, 尹绍武, 顾志敏. 河川沙塘鳢GH基因及侧翼的克隆与生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(9): 1461-1470.
[10]	原晓龙, 李云琴, 王毅. 滇牡丹中3个类查尔酮合成酶基因的克隆与表达[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(9): 1478-1484.
[11]	彭帅, 陈朗, 郑天宇, 陆会宁, 张丽, 刘丽霞. 大通牦牛TLR2基因SNP位点筛选及生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(8): 1280-1285.
[12]	刘正奎, 吴瑗, 陈琳, 王磊, 牟泓烨, 祝徐航, 王晓杜. 猪流行性腹泻病毒Nsp5基因的原核表达及生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(4): 532-538.
[13]	董新星, 李明丽, 崔艺佳, 兰国湘, 王孝义, 严达伟. 撒坝猪MCUR1基因克隆、生物信息学分析及其组织表达量检测[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(11): 1825-1833.
[14]	张高峰, 杨侃侃, 张谦, 王元红, 俞赵荣, 张学琪, 鲁智敏, 刘自敏, 李永东, 王勇. 羊口疮病毒安徽株023基因的原核表达与生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(1): 30-38.
[15]	阮先乐, 王俊生, 刘红占, 陈良兵, 赵锦慧. 油菜miR169基因家族的生物信息学分析及靶基因预测[J]. 浙江农业学报, 2018, 30(8): 1273-1280.