刺激隐核虫(Cryptocaryon irritans)是一种海水鱼类寄生纤毛虫,其感染性强,致死率高。肠道是鱼类重要的营养和免疫器官,并通过口腔与外界水体病原直接接触。为探究刺激隐核虫感染对鱼类肠道结构与功能的影响,本研究以小黄鱼(Larimichthys polyactis)为研究对象,系统比较健康对照组与刺激隐核虫感染组小黄鱼肠道的微结构、免疫指标和微生物组成的差异。结果表明,感染刺激隐核虫导致小黄鱼肠道微绒毛结构破损、密度降低,并显著提升肠道中白细胞介素(IL-1β)和补体3(C3)的含量。在微生物组成方面,感染组小黄鱼肠道微生物的Chao1指数与Shannon指数显著降低,微生物多样性和丰富度均下降;其中,弧菌属(Vibrio)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)和拟杆菌属(Bacteroides)的相对丰度显著升高,而奈瑟菌属(Neisseria)的相对丰度显著下降。KEGG分析进一步表明,感染组中GnRH信号通路和FcγR介导的吞噬作用增强,而咖啡因代谢、矿物质吸收和视黄醇代谢水平显著降低。综上所述,刺激隐核虫感染可破坏小黄鱼肠道微绒毛结构,引发强烈免疫反应,导致肠道微生物多样性和丰富度降低,以及基础代谢受到破坏性影响。本研究从组织、免疫与微生态3个层面揭示了刺激隐核虫对小黄鱼肠道的影响,为今后开发基于肠道微生物调控的鱼类健康管理策略提供了理论依据。