薄荷内生细菌的多样性及组成分析

浙江农业学报

薄荷内生细菌的多样性及组成分析

（1. 昆明学院农学院，云南昆明 650214； 2. 云南省都市特色农业工程技术研究中心，云南昆明 650214； 3. 中国科学院昆明动物研究所，云南昆明 650223； 4. 昆明学院生命科学与技术系，云南昆明 650214）

出版日期:2016-01-25 发布日期:2016-01-19

Diversity and structure of endophytic bacteria in Menthae Haplocalycis Herba

（1. Agriculture College， Kunming University， Kunming 650214， China; 2. Engineering Research Center for Characteristics Agriculture of Yunnan Province， Kunming 650214， China; 3. Kunming Institute of Zoology， Chinese Academy of Sciences， Kunming 650223， China; 4. Life Science and Technology Department， Kunming University， Kunming 650214， China）

Online:2016-01-25 Published:2016-01-19

摘要/Abstract

摘要： 为了调查薄荷内生细菌种类多样性，应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S rDNA\|V4变异区序列，采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量，分析物种的丰度、分布和α多样性，以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226；稀疏曲线表明测序深度充分，OTU的数量接近于饱和。薄荷（样品名BH）的Chao 1指数为226.0，Shannon多样性指数为2538。薄荷内生细菌分布于以下10个属：食酸菌属（Acidovorax，65.34%）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas，17.32%）、土地杆菌属（Pedobacter，5.88%）、甲基杆菌属（Methylobacterium，4.33%）、Luteolibacter属（1.94%）、土壤杆菌属（Agrobacterium，153%）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium，1.30%）、金黄杆菌属（Chryseobacterium，0.92%）、黄杆菌属（Flavobacterium，0.78%）、Dyadobacter属（0.67%）；薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属（Acidovorax，65.34%）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas，17.32%）。Illumina MiSeq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。

关键词: 高通量测序, 薄荷, 内生细菌, 多样性

Abstract: In order to investigate the endophytic bacterial community， leaves samples were collected from Menthae Haplocalycis Herba. The 16S rDNA\|V4 region of leaves collected from Menthae Haplocalycis Herba were sequenced by Illumina MiSeq high\|throughput sequencing technology. Using Qiime and Mothur softwares， the number of sequences and operational taxonomic units （OTUs） for sample was sorted and calculated， the species abundance and distribution， Alpha diversity index and difference in species abundance among samples were analyzed. The number of effective sequences and OTUs for each sample were 60 034/226. The rarefaction curves showed that adequate sampling was achieved. The number of OTUs was close to saturation. The chao 1 and Shannon indexes of sample BH were 226.0 and 2.538, respectively. The species of endophytic bacteria in Menthae Haplocalycis Herba belonged to Acidovorax （65.34%）， Sphingomonas （17.32%）， Pedobacter （5.88%）， Methylobacterium （4.33%）， Luteolibacter （1.94%）， Agrobacterium （1.53%）， Sphingobacterium （1.30%）， Chryseobacterium （0.92%）， Flavobacterium （0.78%） and Dyadobacter （0.67%）. The dominant species were Acidovorax and Sphingomonas with a percentage of 65.34% and 17.32% respectively. Illumina high\|throughput sequencing technology provided more accurate and scientific data resources for the study of endophytic bacteria in Menthae Haplocalycis Herba.

Key words: high-throughput sequencing, Menthae Haplocalycis Herba, endophytic bacteria, diversity

陈泽斌1，2，李冰3，*，王定康4，余磊1，徐胜光1，张永福1，任禛1. 薄荷内生细菌的多样性及组成分析[J]. 浙江农业学报.

CHEN Ze\|bin1，2， LI Bing3，*， WANG Ding\|kang4， YU Lei1， XU Sheng\|guang1， ZHANG Yong\|fu1， REN Zhen1. Diversity and structure of endophytic bacteria in Menthae Haplocalycis Herba[J]. .

[1]	徐民民, 黄莹, 李波, 徐艳, 张帅, 姚岭芸, 王政. 生物炭对小麦根际和根内微生物群落结构的影响[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(3): 516-525.
[2]	王治会, 彭华, 杨普香, 江新凤, 李文金, 岳翠男, 李琛, 李延升. 17份黄金菊茶树自然杂交单株的表型变异与资源价值评价[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(2): 298-307.
[3]	洪霞, 赵永彬, 屈为栋, 陈银龙, 邱莉萍, 王娇阳. 基于表型性状与简单重复序列标记的浙江省芋种质资源遗传多样性比较[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(9): 1544-1554.
[4]	牛素贞, 赵支飞, 宋勤飞, 陈正武. 贵州野生茶树种质资源立地环境多样性[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(7): 1223-1232.
[5]	陈乾丽, 汪汉成, 梁永进, 蔡刘体, 黄宇, 周浩, 李忠, 韩洁. 烤后健康烟叶和霉烂烟叶真菌群落结构分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(6): 1019-1028.
[6]	严福林, 王波, 温迪, 徐文芬, 孙庆文, 魏升华. 苗药小花清风藤叶绿体基因psbA-trnH序列特征及遗传多样性分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(5): 810-815.
[7]	郭勤卫, 张婷, 刘慧琴, 章心惠, 李朝森, 项小敏, 赵东风, 万红建. 应用ISSR分子标记评价我国丝瓜种质资源遗传多样性[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(4): 616-623.
[8]	牙克甫·艾散江, 吾玛尔·阿布力孜, 买尔旦·艾斯卡尔, 阿丽亚·司地克. 新疆7种微生境的土壤甲螨多样性特征[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(4): 696-704.
[9]	胡倩文, 徐延浩, 王容, 张文英, 华为, 吕超. 大麦4个穗部性状的关联分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(11): 1941-1953.
[10]	赖家豪, 宋水林, 刘冰. 三株柑橘溃疡病生防内生细菌对脐橙感染溃疡病后几种防御酶活性的影响[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(11): 1994-2000.
[11]	沈璐, 李勤超, 田中贵, 稻村达也, 伊日布斯. 太阳热处理对小白菜根肿病防治效果的研究[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(1): 98-107.
[12]	谢文钢, 李晓松, 李伟, 唐茜. 四川地方中小叶茶树资源的表型遗传多样性[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(9): 1405-1415.
[13]	曾学琴, 柳陈坚, 杨雪, 李晓然. 高通量测序法检测奶牛乳房炎关联微生物群落结构及多样性[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(9): 1437-1445.
[14]	尹潇潇, 李燕方, 古江, 廖艳, 谢跃, 杨光友, 古小彬. 基于线粒体ATP6基因全序列分析中国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(8): 1231-1238.
[15]	杨移斌, 艾晓辉, 宋怿, 董靖, 胥宁, 姜兰. 黄颡鱼溶血性腹水病初探[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(8): 1239-1248.