基于GBS测序的全基因组SNP揭示大凉山玉米地方品种资源的亲缘关系与遗传分化

doi:10.3969/j.issn.1004-1524.20230012

浙江农业学报 ›› 2024, Vol. 36 ›› Issue (1): 32-47.DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.20230012

基于GBS测序的全基因组SNP揭示大凉山玉米地方品种资源的亲缘关系与遗传分化

冷益丰¹^,²(), 罗樊¹, 陈从顺¹, 丁鑫¹, 蔡光泽¹^,²

1.西昌学院农业科学学院,四川西昌 615013
2.攀西特色作物研究与利用四川省重点实验室,四川西昌 615013

收稿日期:2023-01-04 出版日期:2024-01-25 发布日期:2024-02-18
作者简介:冷益丰(1986—),男,四川成都人,博士,副教授,从事玉米遗传育种研究。E-mail:yifeng_71@163.com
基金资助:
国家自然科学基金(32060485);攀西特色作物研究与利用四川省重点实验室基金(XNFZ2114);西昌学院科研项目(YBZ201901)

Phylogenetic relationship and genetic differentiation of maize landraces revealed by genome-wide SNP developed by genotyping-by-sequencing in Daliangshan Mountain area, China

LENG Yifeng¹^,²(), LUO Fan¹, CHEN Congshun¹, DING Xin¹, CAI Guangze¹^,²

1. College of Agricultural Science, Xichang University, Xichang 615013, Sichuan, China
2. Panxi Crops Research and Utilization Key Laboratory of Sichuan Province, Xichang 615013, Sichuan, China

Received:2023-01-04 Online:2024-01-25 Published:2024-02-18

摘要/Abstract

摘要：

玉米地方品种是玉米育种种质的重要来源,其类型丰富、部分性状田间表现突出,常含有可利用的优良抗性基因。大凉山因其独特的地理位置和光热资源,生产中积累了各具特色的玉米地方品种,但缺乏系统的遗传研究,导致本区域的玉米育种利用进展缓慢。本研究利用基因分型测序(genotyping-by-sequencing, GBS)技术,对收集自大凉山不同地方的360份玉米地方品种资源进行亲缘关系与遗传分化分析。通过高通量测序,产生有效数据250.99 GB,所有样本获得1 659 033 712个clean reads,平均reads数量为4 608 427,平均raw base为0.70 GB,clean base为0.67 GB。各样本的Q20平均值大于等于94.57%,Q30平均值大于等于87.14%,平均GC含量48.20%。经过SNP calling并过滤,获得124 342个单核苷酸多态性(SNP)位点、32 063个插入缺失(InDel)位点(其中插入位点15 738个、缺失位点16 325个)。邻接法构建的系统进化树将360份玉米地方品种群体分成A和B两大类群,支持玉米杂优两群学说;结合主成分分析表明,两群亲缘关系较远,呈现遗传分化;群体结构分析进一步把其分成9个亚群。类群A与B之间的群体分化指数(F_st)为0.462 2,类群A的核苷酸多样性(πA)高于类群B;选择性清除分析得到96个基因组区域,对前5%的基因组区域进一步分析,共检测到418个基因。对候选基因进行基因功能注释,发现富集的基因组区域中包含寒冷响应基因、缺水响应基因、病菌响应基因等与逆境应答相关的基因。研究结果为大凉山玉米地方品种资源的保护和遗传改良提供了参考依据。

关键词: 玉米, 大凉山, 地方品种, 基因分型测序, 亲缘关系

Abstract:

Maize landraces are important source of maize breeding germplasm, with diverse types and outstanding field performance for some traits, often containing excellent resistance genes that can be utilized in breeding. Due to the unique geographical location and light-thermal resources of Daliangshan Mountain area, many maize landraces with distinctive characteristics had been accumulated here in maize production. However, the lack of systematic genetic research on these varieties had resulted in slow progress in maize breeding and utilization in this region. In this study, the genotyping-by-sequencing (GBS) technique was used to conduct phylogenetic and genetic differentiation analyses on 360 maize landraces collected from different regions of Daliangshan Mountain area. Through high-throughput sequencing analysis, 250.99 GB of effective data was generated, with a total of 1 659 033 712 clean reads from all samples, with an average read count of 4 608 427 and an average raw base of 0.70 GB and clean base of 0.67 GB. The average Q20 value of all samples was greater than or equal to 94.57%, the average Q30 value was greater than or equal to 87.14%, and the average GC content was 48.20%. After SNP calling and filtering, 124 342 single nucleotide polymorphism (SNP) loci and 32 063 insertion-deletion (InDel) loci (including 15 738 insertion loci and 16 325 deletion loci) were obtained. The neighbor-joining method was used to construct a phylogenetic tree, which clearly divided the 360 maize landraces into 2 major groups, A and B, supporting the two-group theory of maize heterosis. Principal component analysis also showed that the 2 groups were distantly related and presented genetic differentiation. Further population structure analysis divided the 2 major groups into 9 subgroups. The F-statistics (F_st) value between group A and group B was 0.462 2, and the nucleotide diversity (π) of group A was higher than that of group B. In the selective sweep analysis, 96 genomic regions were identified, and 418 genes were further filtrated from the top 5% of the selective regions. Gene ontology enrichment analysis showed that the candidate genes enriched in the selective regions were related to stress response, such as cold response genes, drought response genes, and pathogen response genes. The results of the study provided a reference for the conservation and genetic improvement of maize landraces in Daliangshan Mountain area.

Key words: maize, Daliangshan, landrace, genotyping-by-sequencing, phylogenetic relationship

中图分类号:

S513

冷益丰, 罗樊, 陈从顺, 丁鑫, 蔡光泽. 基于GBS测序的全基因组SNP揭示大凉山玉米地方品种资源的亲缘关系与遗传分化[J]. 浙江农业学报, 2024, 36(1): 32-47.

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图/表 13

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编号 Code			名称 Name			来源 Source	编号 Code			名称 Name		来源 Source			编号 Code			名称 Name			来源 Source			编号 Code	名称 Name				来源 Source			编号 Code			名称 Name				来源 Source		编号 Code			名称 Name				来源 Source
LV _1			80天玉米_1 80-day corn_1			巴塘 Batang	LV _61			小白包谷_10 Small white corn_10		永德 Yongde			LV _121			大黄包谷_1 Giant yellow corn_1			巧家 Qiaojia			LV _181	墨白1号_7 Tuxpeno 1_7				巧家 Qiaojia			LV _241			红糊糊_1 Honghuhu_1				雷波 Leibo		LV _301			本地白包谷_1 Local white corn_1				木里 Muli
LV _2			80天玉米_2 80-day corn_2			巴塘 Batang	LV _62			绒组玉米_4 Rongzu maize_4		得荣 Derong			LV _122			大黄包谷_2 Giant yellow corn_2			巧家 Qiaojia			LV _182	二季早_2 Erjizao_2				金阳 Jinyang			LV _242			资达花玉米 Zida coloured maize				德昌 Dechang		LV _302			本地白马牙 Local white dent corn				木里 Muli
LV _3			格拥黄玉米 Geyong yellow maize			察隅 Zayü	LV _63			小白包谷_11 Small white corn_11		永德 Yongde			LV _123			豁麻包谷 Huoma corn			雷波 Leibo			LV _183	墨白1号_8 Tuxpeno 1_8				巧家 Qiaojia			LV _243			白玉米_6 White maize_6				雷波 Leibo		LV _303			本地大白包谷_1 Local giant white corn_1				木里 Muli
LV _4			当生_1 Dangsheng_1			巴塘 Batang	LV _64			中单2号_1 Zhongdan No.2_1		得荣 Derong			LV _124			黄玉米_9 Yellow maize_9			西昌 Xichang			LV _184	包谷_1 Corn_1				雷波 Leibo			LV _244			黄二季早_7 Erjizao(yellow)_7				宁南 Ningnan		LV _304			本地大白包谷_2 Local giant white corn_2				木里 Muli
LV _5			当生_2 Dangsheng_2			巴塘 Batang	LV _65			小白包谷_12 Small white corn_12		永德 Yongde			LV _125			金黄早_2 Jinhuangzao_2			雷波 Leibo			LV _185	白包谷_5 White corn_5				雷波 Leibo			LV _245			红糊糊_2 Honghuhu_2				雷波 Leibo		LV _305			七匹草_6 Qipicao_6				盐源 Yanyuan
LV _6			小黄玉米_1 Small yellow maize_1			巴塘 Batang	LV _66			小黄包谷_7 Small yellow corn_7		永德 Yongde			LV _126			白玉米_15 White maize_15			越西 Yuexi			LV _186	墨白1号_9 Tuxpeno 1_9				巧家 Qiaojia			LV _246			小黄包谷_1 Small yellow corn_1				布拖 Butuo		LV _306			火白早_2 Huobaizao_2				乡城 Xiangcheng
LV _7			小黄玉米_2 Small yellow maize_2			巴塘 Batang	LV _67			花包谷_5 Coloured corn_5		盐源 Yanyuan			LV _127			马鞍白玉米 Maan white maize			西昌 Xichang			LV _187	红玉米_1 Red maize_1				金阳 Jinyang			LV _247			白马牙_17 White dent corn_17				普格 Puge		LV _307			本地糯包谷 Local waxy corn				木里 Muli
LV _8			冀成单交3号_1 Jichengdan NO.3_1			察隅 Zayü	LV _68			蒙自玉米_5 Mengzi maize_5		盐源 Yanyuan			LV _128			大黄包谷_3 Giant yellow corn_3			巧家 Qiaojia			LV _188	红玉米_2 Red maize_2				金阳 Jinyang			LV _248			红糊糊_3 Honghuhu_3				雷波 Leibo		LV _308			本地小白包谷_1 Local small white corn_1				木里 Muli
LV _9			玉米_1 Maize_1			察隅 Zayü	LV _69			梧桐黄玉米 Wutong yellow maize		盐源 Yanyuan			LV _129			大黄包谷_4 Giant yellow corn_14			巧家 Qiaojia			LV _189	红玉米_3 Red maize_3				金阳 Jinyang			LV _249			大白包谷_2 Giant white corn_2				会东 Huidong		LV _309			本地小白包谷_2 Local small white corn_2				木里 Muli
LV _10			黄玉米_1 Yellow maize_1			察隅 Zayü	LV _70			中单2号_2 Zhongdan No.2_2		得荣 Derong			LV _130			大黄包谷_5 Giant yellow corn_5			巧家 Qiaojia			LV _190	白马牙_10 White dent corn_10				雷波 Leibo			LV _250			大黄包谷_13 Giant yellow corn_13				会理 Huili		LV _310			大白包谷_4 Giant white corn_4				木里 Muli
LV _11			黄玉米_2 Yellow maize_2			察隅 Zayü	LV _71			中单2号_3 Zhongdan No.2_3		得荣 Derong			LV _131			大寨红玉米 Dazhai red maize			巧家 Qiaojia			LV _191	黄糯包谷_7 Yellow waxy corn_7				金阳 Jinyang			LV _251			大黄包谷_12 Giant yellow corn_12				会东 Huidong		LV _311			大白包谷_5 Giant white corn_5				木里 Muli
LV _12			黄玉米_3 Yellow maize_3			察隅 Zayü	LV _72			中单2号_4 Zhongdan No.2_4		得荣 Derong			LV _132			金黄早_3 Jinhuangzao_3			雷波 Leibo			LV _192	墨白1号_10 Tuxpeno 1_10				巧家 Qiaojia			LV _252			白玉米_7 White maize_7				雷波 Leibo		LV _312			大白包谷_6 Giant white corn_6				木里 Muli
LV _13			黄玉米_4 Yellow maize_4			察隅 Zayü	LV _73			中单2号_5 Zhongdan No.2_5		得荣 Derong			LV _133			矮山苞_1 Aishanbao_1			金阳 Jinyang			LV _193	金黄早_1 Jinhuangzao_1				金阳 Jinyang			LV _253			白马牙_18 White dent corn_18				普格 Puge		LV _313			大白包谷_7 Giant white corn_7				木里 Muli
LV _14			黄玉米_5 Yellow maize_5			察隅 Zayü	LV _74			热光黄玉米_4 Reguang yellow maize_4		乡城 Xiangcheng			LV _134			民胜白玉米 Minsheng white maize			西昌 Xichang			LV _194	包谷_2 Corn_2				雷波 Leibo			LV _254			黄二季早_10 Erjizao(yellow)_10				会理 Huili		LV _314			高山七匹草 Qipicao(alpine)				木里 Muli
LV _15			目宗红玉米_1 Muzong red maize_1			察隅 Zayü	LV _75			梧桐白玉米_1 Wutong white maize_1		察隅 Zayü			LV _135			黄包谷_7 Yellow corn_7			巧家 Qiaojia			LV _195	白马牙_11 White dent corn_11				雷波 Leibo			LV _255			黄二季早_11 Erjizao(yellow)_11				会东 Huidong		LV _315			固松白玉米_1 Gusong white maize_1				木里 Muli
LV _16			小黄玉米_3 Small yellow maize_3			巴塘 Batang	LV _76			小白包谷_9 Small white corn_9		盐源 Yanyuan			LV _136			民胜黄玉米 Minsheng yellow maize			西昌 Xichang			LV _196	墨白1号_1 Tuxpeno 1_1				金阳 Jinyang			LV _256			红棵粒Hongkeli				雷波 Leibo		LV _316			冀成单交3号_2 Jichengdan NO.3_2				乡城 Xiangcheng
LV _17			目宗红玉米_2 Muzong red maize_2			察隅 Zayü	LV _77			小黄包谷_6 Small yellow corn_6		盐源 Yanyuan			LV _137			大黄包谷_21 Giant yellow corn_21			越西 Yuexi			LV _197	白马牙_12 White dent corn_12				雷波 Leibo			LV _257			黄玉米_6 Yellow maize_6				会东 Huidong		LV _317			黄玉米_8 Yellow maize_8				木里 Muli
LV _18			目宗红玉米_3 Muzong red maize_3			察隅 Zayü	LV _78			白包谷_15 White corn_15		昭觉 Yuexi			LV _138			矮山苞_2 Aishanbao_2			金阳 Jinyang			LV _198	本地包谷 Local corn				雷波 Leibo			LV _258			白玉米_8 White maize_8				雷波 Leibo		LV _318			建英白玉米_4 Jianying white maize_4				木里 Muli
LV _19			目宗红玉米_4 Muzong red maize_4			察隅 Zayü	LV _79			白包谷_13 White corn_13		冕宁 Mianning			LV _139			玉米_4 Maize_4			西昌 Xichang			LV _199	白麦1号_1 Baimai NO.1_1				雷波 Leibo			LV _259			黄包谷_3 Yellow corn_3				雷波 Leibo		LV _319			蒙自玉米_1 Mengzi maize_1				木里 Muli
LV _20			小黄玉米_4 Small yellow maize_4			巴塘 Batang	LV _80			白包谷_14 White corn_14		冕宁 Mianning			LV _140			黄包谷_8 Yellow corn_8			巧家 Qiaojia			LV _200	宽裕花包谷 Kuanyu coloured corn				德昌 Dechang			LV _260			墨白1号_16 Tuxpeno 1_16				会东 Huidong		LV _320			蒙自玉米_2 Mengzi maize_2				木里 Muli
编号 Code	名称 Name			来源 Source			编号 Code		名称 Name					来源 Source			编号 Code			名称 Name		来源 Source			编号 Code		名称 Name			来源 Source			编号 Code			名称 Name				来源 Source			编号 Code			名称 Name			来源 Source
LV _21	小黄玉米_5 Small yellow maize_5			巴塘 Batang			LV _81		包谷_4 Corn_4					昭觉 Yuexi			LV _141			本地黄玉米_1 Local yellow maize_1		德昌 Dechang			LV _201		白麦1号_2 Baimai NO.1_2			雷波 Leibo			LV _261			白玉米_16 White maize_16				普格 Puge			LV _321			糯包谷_3 Waxy corn_3			木里 Muli
LV _22	白玉米_10 White maize_10			芒康 Markam			LV _82		白包谷_8 White corn_8					西昌 Xichang			LV _142			红包谷_5 Red corn_5		越西 Yuexi			LV _202		墨白1号_2 Tuxpeno 1_2			金阳 Jinyang			LV _262			黄二季早_12 Erjizao(yellow)_12				普格 Puge			LV _322			七匹草_1 Qipicao_1			木里 Muli
LV _23	白玉米_11 White maize_11			芒康 Markam			LV _83		金黄早_4 Jinhuangzao_4					雷波 Leibo			LV _143			白鹤_1 Baihe_1		金阳 Jinyang			LV _203		小白包谷_8 Small white corn_8			巧家 Qiaojia			LV _263			黄包谷_4 Yellow corn_4				雷波 Leibo			LV _323			七匹草_2 Qipicao_2			木里 Muli
LV _24	白玉米_12 White maize_12			芒康 Markam			LV _84		黄二季早_8 Erjizao(yellow)_8					宁南 Ningnan			LV _144			大白包谷_1 Giant white corn_1		德昌 Dechang			LV _204		小黄包谷_3 Small yellow corn_3			巧家 Qiaojia			LV _264			本地黄玉米_4 Local yellow maize_4				普格 Puge			LV _324			七匹草_3 Qipicao_3			木里 Muli
LV _25	目宗红玉米_5 Muzong red maize_5			察隅 Zayü			LV _85		墨白1号_13 Tuxpeno 1_13					宁南 Ningnan			LV _145			白鹤_2 Baihe_2		金阳 Jinyang			LV _205		墨白1号_3 Tuxpeno 1_3			金阳 Jinyang			LV _265			大白包谷_9 Giant white corn_9				普格 Puge			LV _325			七匹草_4 Qipicao_4			木里 Muli
LV _26	本地黄玉米_2 Local yellow maize_2			芒康 Markam			LV _86		墨白1号_14 Tuxpeno 1_14					宁南 Ningnan			LV _146			红玉米_5 Red maize_5		越西 Yuexi			LV _206		本地红包谷_1 Local red corn_1			雷波 Leibo			LV _266			大黄包谷_16 Giant yellow corn_16				普格 Puge			LV _326			七匹草_7 Qipicao_7			盐源 Yanyuan
LV _27	本地黄玉米_3 Local yellow maize_3			芒康 Markam			LV _87		白马牙_13 White dent corn_13					冕宁 Mianning			LV _147			红包谷_4 Red corn_4		甘洛 Ganluo			LV _207		白糯包谷_1 White waxy corn_1			雷波 Leibo			LV _267			黄包谷_5 Yellow corn_5				雷波 Leibo			LV _327			七匹早_1 Qipizao_1			木里 Muli
LV _28	红颗粒_1 Red kernel corn_1			芒康 Markam			LV _88		大黄包谷_18 Giant yellow corn_18					昭觉 Yuexi			LV _148			白马牙_3 White dent corn_3		金阳 Jinyang			LV _208		小黄包谷_4 Small yellow corn_4			巧家 Qiaojia			LV _268			白包谷_1 White corn_1				会理 Huili			LV _328			七匹早_2 Qipizao_2			木里 Muli
LV _29	目宗红玉米_6 Muzong red maize_6			察隅 Zayü			LV _89		小白包谷_13 Small white corn_13					昭觉 Yuexi			LV _149			黄二季早_1 Erjizao(yellow)_1		巧家 Qiaojia			LV _209		小黄包谷_5 Small yellow corn_5			巧家 Qiaojia			LV _269			底古白玉米 Digu white maize				普格 Puge			LV _329			热宫黄玉米_1 Regong yellow maize_1			木里 Muli
LV _30	目宗红玉米_7 Muzong red maize_7			察隅 Zayü			LV _90		白包谷_9 White corn_9					西昌 Xichang			LV _150			大黄包谷_19 Giant Yellow corn_19		美姑 Meigu			LV _210		本地红包谷_2 Local red corn_2			雷波 Leibo			LV _270			白包谷_12 White corn_12				会理 Huili			LV _330			小白包谷_2 Small white corn_2			木里 Muli
LV _31	红颗粒_2 Red kernel corn_2			芒康 Markam			LV _91		白马牙_14 White dent corn_14					冕宁 Mianning			LV _151			白马牙_4 White dent corn_4		金阳 Jinyang			LV _211		白糯包谷_2 White waxy corn_2			宁南 Ningnan			LV _271			底古红玉米 Digu red maize				普格 Puge			LV _331			小白包谷_3 Small white corn_3			木里 Muli
LV _32	目宗黄玉米_1 Muzong yellow maize_1			察隅 Zayü			LV _92		糯包谷_2 Waxy corn_2					雷波 Leibo			LV _152			大黄包谷_15 Giant yellow corn_15		德昌 Dechang			LV _212		糯包谷_1 Waxy corn_1			德昌 Dechang			LV _272			墨白1号_4 Tuxpeno 1_4				普格 Puge			LV _332			蒙自玉米_3 Mengzi maize_3			乡城 Xiangcheng
LV _33	目宗黄玉米_2 Muzong yellow maize_2			察隅 Zayü			LV _93		黄包谷_6 Yellow corn_6					冕宁 Mianning			LV _153			黄包谷_1 Yellow corn_1		德昌 Dechang			LV _213		白糯包谷_3 White waxy corn_3			宁南 Ningnan			LV _273			大白包谷_3 Giant white corn_3				会理 Huili			LV _333			小白包谷_4 Small white corn_4			木里 Muli
LV _34	黄玉米_7 Yellow maize_7			芒康 Markam			LV _94		墨白1号_15 Tuxpeno 1_15					宁南 Ningnan			LV _154			白马牙_5 White dent corn_5		金阳 Jinyang			LV _214		白糯玉米_1 White waxy maize_1			雷波 Leibo			LV _274			底古花玉米 Digu coloured maize				普格 Puge			LV _334			小白包谷_5 Small white corn_5			木里 Muli
LV _35	梧桐白玉米_2 Wutong white maize_2			察隅 Zayü			LV _95		玉米_2 Maize_2					冕宁 Mianning			LV _155			白马牙_6 White dent corn_6		金阳 Jinyang			LV _215		细马牙 Small dent corn			金阳 Jinyang			LV _275			呷学白玉米_1 Gaxue white maize_1				乡城 Xiangcheng			LV _335			小粒包谷 Small sized corn			木里 Muli
LV _36	目宗黄玉米_3 Muzong yellow maize_3			察隅 Zayü			LV _96		包谷_3 Corn_3					西昌 Xichang			LV _156			黄二季早_2 Erjizao(yellow)_2		巧家 Qiaojia			LV _216		白糯玉米_2 White waxy maize_2			雷波 Leibo			LV _276			日堆白玉米 Ridui white maize				乡城 Xiangcheng			LV _336			玉米_3 Maize_3			木里 Muli
LV _37	梧桐白玉米_3 Wutong white maize_3			察隅 Zayü			LV _97		小白包谷_6 Small white corn_6					宁南 Ningnan			LV _157			白马牙_7 White dent corn_7		金阳 Jinyang			LV _217		小黄包谷_2 Small yellow corn_2			金阳 Jinyang			LV _277			日堆金黄早_1 Riduijinhuangzao_1				乡城 Xiangcheng			LV _337			足顶黄玉米_1 Zuding yellow maize_1			木里 Muli
LV _38	目宗黄玉米_4 Muzong yellow maize_4			察隅 Zayü			LV _98		白玉米_17 White maize_17					喜德 Xide			LV _158			白马牙_8 White dent corn_8		金阳 Jinyang			LV _218		二饭早_1 Erfanzao_1			雷波 Leibo			LV _278			日堆金黄早_2 Riduijinhuangzao_2				乡城 Xiangcheng			LV _338			白包谷_10 White corn_10			盐源 Yanyuan
LV _39	热光黄玉米_5 Reguang yellow maize_5			乡城 Xiangcheng			LV _99		黄糯包谷_8 Yellow waxy corn_8					昭觉 Yuexi			LV _159			黄包谷_2 Yellow corn_2		甘洛 Ganluo			LV _219		白马牙_1 White dent corn_1			布拖 Butuo			LV _279			日堆金黄早_3 Riduijinhuangzao_3				乡城 Xiangcheng			LV _339			白包谷_11 White corn_11			盐源 Yanyuan
LV _40	梧桐白玉米_4 Wutong white maize_4			察隅 Zayü			LV _100		白糯玉米_3 White waxy maize_3					美姑 Meigu			LV _160			红玉米_4 Red maize_4		美姑 Meigu			LV _220		二饭早_2 Erfanzao_2			雷波 Leibo			LV _280			日堆金黄早_4 Riduijinhuangzao_4				乡城 Xiangcheng			LV _340			白乌白Baiwubai			盐源 Yanyuan
LV _41	荣玉玉米_1 Rongyu maize_1			察隅 Zayü			LV _101		大黄包谷_20 Giant yellow corn_20					喜德 Xide			LV _161			黄糯包谷_6 Yellow waxy corn_6		美姑 Meigu			LV _221		小白包谷_1 Small white corn_1			德昌 Dechang			LV _281			足顶黄玉米_2 Zuding yellow maize_2				乡城 Xiangcheng			LV _341			白玉白_2 Baiyubai_2			盐源 Yanyuan
编号 Code		名称 Name			来源 Source			编号 Code			名称 Name		来源 Source			编号 Code			名称 Name				来源 Source			编号 Code		名称 Name			来源 Source			编号 Code			名称 Name	来源 Source				编号 Code			名称 Name		来源 Source
LV _42		荣玉玉米_2 Rongyu maize_2			察隅 Zayü			LV _102			红秆包谷 Red-stemmed corn		米易 Miyi			LV _162			黄二季早_3 Erjizao(yellow)_3				巧家 Qiaojia			LV _222		二季早_3 Erjizao_3			雷波 Leibo			LV _282			墨白1号_5 Tuxpeno 1_5	普格 Puge				LV _342			白玉白_3 Baiyubai_3		盐源 Yanyuan
LV _43		荣玉玉米_3 Rongyu maize_3			察隅 Zayü			LV _103			白玉1号 Baiyu NO.1		美姑 Meigu			LV _163			金黄早_5 Jinhuangzao_5				美姑 Meigu			LV _223		白玉2号 Baiyu NO.2			宁南 Ningnan			LV _283			小白包谷_7 Small white corn_7	普格 Puge				LV _343			蒙自玉米_4 Mengzi maize_4		乡城 Xiangcheng
LV _44		甲学白玉米 Jiaxue white maize			得荣 Derong			LV _104			白马牙_19 White dent corn_19		越西 Yuexi			LV _164			白包谷_2 White corn_2				雷波 Leibo			LV _224		二季子 Erjizi			雷波 Leibo			LV _284			白玉米_1 White maize_1	稻城 Daocheng				LV _344			热宫黄玉米_2 Regong yellow maize_2		乡城 Xiangcheng
LV _45		建英白玉米_1 Jianying white maize_1			得荣 Derong			LV _105			白糯包谷_4 White waxy corn_4		巧家 Qiaojia			LV _165			白马牙_9 White dent corn_9				金阳 Jinyang			LV _225		红包谷_1 Red corn_1			雷波 Leibo			LV _285			白玉米_2 White maize _2	稻城 Daocheng				LV _345			本地白包谷_2 Local white corn_2		盐源 Yanyuan
LV _46		建英白玉米_2 Jianying white maize_2			得荣 Derong			LV _106			白糯包谷_5 White waxy corn_5		巧家 Qiaojia			LV _166			黄二季早_9 Erjizao(yellow)_9				德昌 Dechang			LV _226		白马牙_2 White dent corn_2			布拖 Butuo			LV _286			呷学白玉米_2 Gaxue white maize_2	乡城 Xiangcheng				LV _346			本地白包谷_3 Local white corn_3		盐源 Yanyuan
LV _47		建英白玉米_3 Jianying white maize_3			得荣 Derong			LV _107			白玉3号 Baiyu NO.3		美姑 Meigu			LV _167			白玉米_9 White maize_9				雷波 Leibo			LV _227		资达白玉米 Zida white maize			德昌 Dechang			LV _287			白玉米_3 White maize _3	稻城 Daocheng				LV _347			本地黄玉米_5 Local yellow maize_5		盐源 Yanyuan
LV _48		荣玉玉米_4 Rongyu maize_4			察隅 Zayü			LV _108			大白包谷_12 Giant white corn_12		西昌 Xichang			LV _168			白玉米_4 White maize_4				金阳 Jinyang			LV _228		资达红血丝 Zida red blood			德昌 Dechang			LV _288			固松白玉米_2 Gusong white maize_2	乡城 Xiangcheng				LV _348			大白包谷_13 Giant white corn_13		盐源 Yanyuan
LV _49		日堆金早Riduijinzao			得荣 Derong			LV _109			白马牙_20 White dent corn_20		越西 Yuexi			LV _169			白包谷_3 White corn_3				雷波 Leibo			LV _229		白玉4号 Baiyu NO.4			宁南 Ningnan			LV _289			火白早_1 Huobaizao_1	乡城 Xiangcheng				LV _349			大白包谷_14 Giant white corn_14		盐源 Yanyuan
LV _50		绒组玉米_1 Rongzu maize_1			得荣 Derong			LV _110			白糯包谷_6 White waxy corn_6		巧家 Qiaojia			LV _170			丹红_1 Danhong_1				金阳 Jinyang			LV _230		白玉米_14 White maize_14			布拖 Butuo			LV _290			热光黄玉米_1 Reguang yellow maize_1	稻城 Daocheng				LV _350			大白包谷_15 Giant white corn_15		盐源 Yanyuan
LV _51		绒组玉米_2 Rongzu maize_2			得荣 Derong			LV _111			黄糯包谷_1 Yellow waxy corn_1		雷波 Leibo			LV _171			黄二季早_4 Erjizao(yellow)_4				巧家 Qiaojia			LV _231		白玉米_5 White maize_5			雷波 Leibo			LV _291			热光黄玉米_2 Reguang yellow maize_2	稻城 Daocheng				LV _351			大白包谷 Giant white corn		盐源 Yanyuan
LV _52		绒组玉米_3 Rongzu maize_3			得荣 Derong			LV _112			黄糯包谷_2 Yellow waxy corn_2		雷波 Leibo			LV _172			绒佐玉米 Rongzuo maize				木里 Muli			LV _232		大黄包谷_17 Giant yellow corn_17			布拖 Butuo			LV _292			牙垭白玉米_1 Yaya white maize_1	稻城 Daocheng				LV _352			大黄包谷_6 Giant yellow corn_6		盐源 Yanyuan
LV _53		大黄包谷_9 Giant yellow corn_9			永德 Yongde			LV _113			白玉5号 Baiyu NO.5		美姑 Meigu			LV _173			丹红_2 Danhong_2				金阳 Jinyang			LV _233		红包谷_2 Red corn_2			雷波 Leibo			LV _293			牙垭白玉米_2 Yaya white maize_2	稻城 Daocheng				LV _353			大黄包谷_7 Giant yellow corn_7		盐源 Yanyuan
LV _54		大黄包谷_10 Giant yellow corn_10			永德 Yongde			LV _114			大白包谷_10 Giant white corn_10		巧家 Qiaojia			LV _174			二季早_1 Erjizao_1				金阳 Jinyang			LV _234		资达红玉米 Zida red maize			德昌 Dechang			LV _294			牙垭白玉米_3 Yaya white maize_3	稻城 Daocheng				LV _354			大黄包谷_8 Giant yellow corn_8		盐源 Yanyuan
LV _55		大黄包谷_11 Giant yellow corn_11			永德 Yongde			LV _115			黄糯包谷_3 Yellow waxy corn_3		雷波 Leibo			LV _175			黄二季早_5 Erjizao(yellow)_5				巧家 Qiaojia			LV _235		红包谷_3 Red corn_3			雷波 Leibo			LV _295			七匹草_5 Qipicao_5	盐源 Yanyuan				LV _355			花包谷_1 Coloured corn_1		盐源 Yanyuan
LV _56		小八路_1 Eight-rowed corn_1			永德 Yongde			LV _116			大白包谷_11 Giant white corn_11		巧家 Qiaojia			LV _176			白包谷_4 White corn_4				雷波 Leibo			LV _236		白玉7号 Baiyu NO.7			宁南 Ningnan			LV _296			白包谷_6 White corn_6	木里 Muli				LV _356			热光黄玉米_3 Reguang yellow maize_3		乡城 Xiangcheng
LV _57		小八路_2 Eight-rowed corn_2			永德 Yongde			LV _117			白玉米_13 White maize_13		美姑 Meigu			LV _177			百日早_1 Bairizao_1				雷波 Leibo			LV _237		大白包谷_8 Giant white corn_8			宁南 Ningnan			LV _297			白包谷_7 White corn_7	木里 Muli				LV _357			花包谷_2 Coloured corn_2		盐源 Yanyuan
LV _58		小八路_3 Eight-rowed corn_3			永德 Yongde			LV _118			黄糯包谷_4 Yellow waxy corn_4		雷波 Leibo			LV _178			黄二季早_6 Erjizao(yellow)_6				巧家 Qiaojia			LV _238		大黄包谷_14 Giant yellow corn_14			宁南 Ningnan			LV _298			白马牙_15 White dent corn_15	木里 Muli				LV _358			花包谷_3 Coloured corn_3		盐源 Yanyuan
LV _59		小八路_4 Eight-rowed corn_4			永德 Yongde			LV _119			黄糯包谷_5 Yellow waxy corn_5		雷波 Leibo			LV _179			墨白1号_6 Tuxpeno 1_6				巧家 Qiaojia			LV _239		墨白1号_11 Tuxpeno 1_11			布拖 Butuo			LV _299			白马牙_16 White dent corn_16	木里 Muli				LV _359			八路糯玉米 Eight-rowed waxy maize		永德 Yongde
LV _60		荣玉玉米_5 Rongyu maize_5			察隅 Zayü			LV _120			花包谷_6 Coloured corn_6		西昌 Xichang			LV _180			百日早_2 Bairizao_2				雷波 Leibo			LV _240		墨白1号_12 Tuxpeno 1_12			布拖 Butuo			LV _300			白玉白_1 Baiyubai_1	木里 Muli				LV _360			花包谷_4 Coloured corn_4		盐源 Yanyuan

编号 Code			名称 Name			来源 Source	编号 Code			名称 Name		来源 Source			编号 Code			名称 Name			来源 Source			编号 Code	名称 Name				来源 Source			编号 Code			名称 Name				来源 Source		编号 Code			名称 Name				来源 Source
LV _1			80天玉米_1 80-day corn_1			巴塘 Batang	LV _61			小白包谷_10 Small white corn_10		永德 Yongde			LV _121			大黄包谷_1 Giant yellow corn_1			巧家 Qiaojia			LV _181	墨白1号_7 Tuxpeno 1_7				巧家 Qiaojia			LV _241			红糊糊_1 Honghuhu_1				雷波 Leibo		LV _301			本地白包谷_1 Local white corn_1				木里 Muli
LV _2			80天玉米_2 80-day corn_2			巴塘 Batang	LV _62			绒组玉米_4 Rongzu maize_4		得荣 Derong			LV _122			大黄包谷_2 Giant yellow corn_2			巧家 Qiaojia			LV _182	二季早_2 Erjizao_2				金阳 Jinyang			LV _242			资达花玉米 Zida coloured maize				德昌 Dechang		LV _302			本地白马牙 Local white dent corn				木里 Muli
LV _3			格拥黄玉米 Geyong yellow maize			察隅 Zayü	LV _63			小白包谷_11 Small white corn_11		永德 Yongde			LV _123			豁麻包谷 Huoma corn			雷波 Leibo			LV _183	墨白1号_8 Tuxpeno 1_8				巧家 Qiaojia			LV _243			白玉米_6 White maize_6				雷波 Leibo		LV _303			本地大白包谷_1 Local giant white corn_1				木里 Muli
LV _4			当生_1 Dangsheng_1			巴塘 Batang	LV _64			中单2号_1 Zhongdan No.2_1		得荣 Derong			LV _124			黄玉米_9 Yellow maize_9			西昌 Xichang			LV _184	包谷_1 Corn_1				雷波 Leibo			LV _244			黄二季早_7 Erjizao(yellow)_7				宁南 Ningnan		LV _304			本地大白包谷_2 Local giant white corn_2				木里 Muli
LV _5			当生_2 Dangsheng_2			巴塘 Batang	LV _65			小白包谷_12 Small white corn_12		永德 Yongde			LV _125			金黄早_2 Jinhuangzao_2			雷波 Leibo			LV _185	白包谷_5 White corn_5				雷波 Leibo			LV _245			红糊糊_2 Honghuhu_2				雷波 Leibo		LV _305			七匹草_6 Qipicao_6				盐源 Yanyuan
LV _6			小黄玉米_1 Small yellow maize_1			巴塘 Batang	LV _66			小黄包谷_7 Small yellow corn_7		永德 Yongde			LV _126			白玉米_15 White maize_15			越西 Yuexi			LV _186	墨白1号_9 Tuxpeno 1_9				巧家 Qiaojia			LV _246			小黄包谷_1 Small yellow corn_1				布拖 Butuo		LV _306			火白早_2 Huobaizao_2				乡城 Xiangcheng
LV _7			小黄玉米_2 Small yellow maize_2			巴塘 Batang	LV _67			花包谷_5 Coloured corn_5		盐源 Yanyuan			LV _127			马鞍白玉米 Maan white maize			西昌 Xichang			LV _187	红玉米_1 Red maize_1				金阳 Jinyang			LV _247			白马牙_17 White dent corn_17				普格 Puge		LV _307			本地糯包谷 Local waxy corn				木里 Muli
LV _8			冀成单交3号_1 Jichengdan NO.3_1			察隅 Zayü	LV _68			蒙自玉米_5 Mengzi maize_5		盐源 Yanyuan			LV _128			大黄包谷_3 Giant yellow corn_3			巧家 Qiaojia			LV _188	红玉米_2 Red maize_2				金阳 Jinyang			LV _248			红糊糊_3 Honghuhu_3				雷波 Leibo		LV _308			本地小白包谷_1 Local small white corn_1				木里 Muli
LV _9			玉米_1 Maize_1			察隅 Zayü	LV _69			梧桐黄玉米 Wutong yellow maize		盐源 Yanyuan			LV _129			大黄包谷_4 Giant yellow corn_14			巧家 Qiaojia			LV _189	红玉米_3 Red maize_3				金阳 Jinyang			LV _249			大白包谷_2 Giant white corn_2				会东 Huidong		LV _309			本地小白包谷_2 Local small white corn_2				木里 Muli
LV _10			黄玉米_1 Yellow maize_1			察隅 Zayü	LV _70			中单2号_2 Zhongdan No.2_2		得荣 Derong			LV _130			大黄包谷_5 Giant yellow corn_5			巧家 Qiaojia			LV _190	白马牙_10 White dent corn_10				雷波 Leibo			LV _250			大黄包谷_13 Giant yellow corn_13				会理 Huili		LV _310			大白包谷_4 Giant white corn_4				木里 Muli
LV _11			黄玉米_2 Yellow maize_2			察隅 Zayü	LV _71			中单2号_3 Zhongdan No.2_3		得荣 Derong			LV _131			大寨红玉米 Dazhai red maize			巧家 Qiaojia			LV _191	黄糯包谷_7 Yellow waxy corn_7				金阳 Jinyang			LV _251			大黄包谷_12 Giant yellow corn_12				会东 Huidong		LV _311			大白包谷_5 Giant white corn_5				木里 Muli
LV _12			黄玉米_3 Yellow maize_3			察隅 Zayü	LV _72			中单2号_4 Zhongdan No.2_4		得荣 Derong			LV _132			金黄早_3 Jinhuangzao_3			雷波 Leibo			LV _192	墨白1号_10 Tuxpeno 1_10				巧家 Qiaojia			LV _252			白玉米_7 White maize_7				雷波 Leibo		LV _312			大白包谷_6 Giant white corn_6				木里 Muli
LV _13			黄玉米_4 Yellow maize_4			察隅 Zayü	LV _73			中单2号_5 Zhongdan No.2_5		得荣 Derong			LV _133			矮山苞_1 Aishanbao_1			金阳 Jinyang			LV _193	金黄早_1 Jinhuangzao_1				金阳 Jinyang			LV _253			白马牙_18 White dent corn_18				普格 Puge		LV _313			大白包谷_7 Giant white corn_7				木里 Muli
LV _14			黄玉米_5 Yellow maize_5			察隅 Zayü	LV _74			热光黄玉米_4 Reguang yellow maize_4		乡城 Xiangcheng			LV _134			民胜白玉米 Minsheng white maize			西昌 Xichang			LV _194	包谷_2 Corn_2				雷波 Leibo			LV _254			黄二季早_10 Erjizao(yellow)_10				会理 Huili		LV _314			高山七匹草 Qipicao(alpine)				木里 Muli
LV _15			目宗红玉米_1 Muzong red maize_1			察隅 Zayü	LV _75			梧桐白玉米_1 Wutong white maize_1		察隅 Zayü			LV _135			黄包谷_7 Yellow corn_7			巧家 Qiaojia			LV _195	白马牙_11 White dent corn_11				雷波 Leibo			LV _255			黄二季早_11 Erjizao(yellow)_11				会东 Huidong		LV _315			固松白玉米_1 Gusong white maize_1				木里 Muli
LV _16			小黄玉米_3 Small yellow maize_3			巴塘 Batang	LV _76			小白包谷_9 Small white corn_9		盐源 Yanyuan			LV _136			民胜黄玉米 Minsheng yellow maize			西昌 Xichang			LV _196	墨白1号_1 Tuxpeno 1_1				金阳 Jinyang			LV _256			红棵粒Hongkeli				雷波 Leibo		LV _316			冀成单交3号_2 Jichengdan NO.3_2				乡城 Xiangcheng
LV _17			目宗红玉米_2 Muzong red maize_2			察隅 Zayü	LV _77			小黄包谷_6 Small yellow corn_6		盐源 Yanyuan			LV _137			大黄包谷_21 Giant yellow corn_21			越西 Yuexi			LV _197	白马牙_12 White dent corn_12				雷波 Leibo			LV _257			黄玉米_6 Yellow maize_6				会东 Huidong		LV _317			黄玉米_8 Yellow maize_8				木里 Muli
LV _18			目宗红玉米_3 Muzong red maize_3			察隅 Zayü	LV _78			白包谷_15 White corn_15		昭觉 Yuexi			LV _138			矮山苞_2 Aishanbao_2			金阳 Jinyang			LV _198	本地包谷 Local corn				雷波 Leibo			LV _258			白玉米_8 White maize_8				雷波 Leibo		LV _318			建英白玉米_4 Jianying white maize_4				木里 Muli
LV _19			目宗红玉米_4 Muzong red maize_4			察隅 Zayü	LV _79			白包谷_13 White corn_13		冕宁 Mianning			LV _139			玉米_4 Maize_4			西昌 Xichang			LV _199	白麦1号_1 Baimai NO.1_1				雷波 Leibo			LV _259			黄包谷_3 Yellow corn_3				雷波 Leibo		LV _319			蒙自玉米_1 Mengzi maize_1				木里 Muli
LV _20			小黄玉米_4 Small yellow maize_4			巴塘 Batang	LV _80			白包谷_14 White corn_14		冕宁 Mianning			LV _140			黄包谷_8 Yellow corn_8			巧家 Qiaojia			LV _200	宽裕花包谷 Kuanyu coloured corn				德昌 Dechang			LV _260			墨白1号_16 Tuxpeno 1_16				会东 Huidong		LV _320			蒙自玉米_2 Mengzi maize_2				木里 Muli
编号 Code	名称 Name			来源 Source			编号 Code		名称 Name					来源 Source			编号 Code			名称 Name		来源 Source			编号 Code		名称 Name			来源 Source			编号 Code			名称 Name				来源 Source			编号 Code			名称 Name			来源 Source
LV _21	小黄玉米_5 Small yellow maize_5			巴塘 Batang			LV _81		包谷_4 Corn_4					昭觉 Yuexi			LV _141			本地黄玉米_1 Local yellow maize_1		德昌 Dechang			LV _201		白麦1号_2 Baimai NO.1_2			雷波 Leibo			LV _261			白玉米_16 White maize_16				普格 Puge			LV _321			糯包谷_3 Waxy corn_3			木里 Muli
LV _22	白玉米_10 White maize_10			芒康 Markam			LV _82		白包谷_8 White corn_8					西昌 Xichang			LV _142			红包谷_5 Red corn_5		越西 Yuexi			LV _202		墨白1号_2 Tuxpeno 1_2			金阳 Jinyang			LV _262			黄二季早_12 Erjizao(yellow)_12				普格 Puge			LV _322			七匹草_1 Qipicao_1			木里 Muli
LV _23	白玉米_11 White maize_11			芒康 Markam			LV _83		金黄早_4 Jinhuangzao_4					雷波 Leibo			LV _143			白鹤_1 Baihe_1		金阳 Jinyang			LV _203		小白包谷_8 Small white corn_8			巧家 Qiaojia			LV _263			黄包谷_4 Yellow corn_4				雷波 Leibo			LV _323			七匹草_2 Qipicao_2			木里 Muli
LV _24	白玉米_12 White maize_12			芒康 Markam			LV _84		黄二季早_8 Erjizao(yellow)_8					宁南 Ningnan			LV _144			大白包谷_1 Giant white corn_1		德昌 Dechang			LV _204		小黄包谷_3 Small yellow corn_3			巧家 Qiaojia			LV _264			本地黄玉米_4 Local yellow maize_4				普格 Puge			LV _324			七匹草_3 Qipicao_3			木里 Muli
LV _25	目宗红玉米_5 Muzong red maize_5			察隅 Zayü			LV _85		墨白1号_13 Tuxpeno 1_13					宁南 Ningnan			LV _145			白鹤_2 Baihe_2		金阳 Jinyang			LV _205		墨白1号_3 Tuxpeno 1_3			金阳 Jinyang			LV _265			大白包谷_9 Giant white corn_9				普格 Puge			LV _325			七匹草_4 Qipicao_4			木里 Muli
LV _26	本地黄玉米_2 Local yellow maize_2			芒康 Markam			LV _86		墨白1号_14 Tuxpeno 1_14					宁南 Ningnan			LV _146			红玉米_5 Red maize_5		越西 Yuexi			LV _206		本地红包谷_1 Local red corn_1			雷波 Leibo			LV _266			大黄包谷_16 Giant yellow corn_16				普格 Puge			LV _326			七匹草_7 Qipicao_7			盐源 Yanyuan
LV _27	本地黄玉米_3 Local yellow maize_3			芒康 Markam			LV _87		白马牙_13 White dent corn_13					冕宁 Mianning			LV _147			红包谷_4 Red corn_4		甘洛 Ganluo			LV _207		白糯包谷_1 White waxy corn_1			雷波 Leibo			LV _267			黄包谷_5 Yellow corn_5				雷波 Leibo			LV _327			七匹早_1 Qipizao_1			木里 Muli
LV _28	红颗粒_1 Red kernel corn_1			芒康 Markam			LV _88		大黄包谷_18 Giant yellow corn_18					昭觉 Yuexi			LV _148			白马牙_3 White dent corn_3		金阳 Jinyang			LV _208		小黄包谷_4 Small yellow corn_4			巧家 Qiaojia			LV _268			白包谷_1 White corn_1				会理 Huili			LV _328			七匹早_2 Qipizao_2			木里 Muli
LV _29	目宗红玉米_6 Muzong red maize_6			察隅 Zayü			LV _89		小白包谷_13 Small white corn_13					昭觉 Yuexi			LV _149			黄二季早_1 Erjizao(yellow)_1		巧家 Qiaojia			LV _209		小黄包谷_5 Small yellow corn_5			巧家 Qiaojia			LV _269			底古白玉米 Digu white maize				普格 Puge			LV _329			热宫黄玉米_1 Regong yellow maize_1			木里 Muli
LV _30	目宗红玉米_7 Muzong red maize_7			察隅 Zayü			LV _90		白包谷_9 White corn_9					西昌 Xichang			LV _150			大黄包谷_19 Giant Yellow corn_19		美姑 Meigu			LV _210		本地红包谷_2 Local red corn_2			雷波 Leibo			LV _270			白包谷_12 White corn_12				会理 Huili			LV _330			小白包谷_2 Small white corn_2			木里 Muli
LV _31	红颗粒_2 Red kernel corn_2			芒康 Markam			LV _91		白马牙_14 White dent corn_14					冕宁 Mianning			LV _151			白马牙_4 White dent corn_4		金阳 Jinyang			LV _211		白糯包谷_2 White waxy corn_2			宁南 Ningnan			LV _271			底古红玉米 Digu red maize				普格 Puge			LV _331			小白包谷_3 Small white corn_3			木里 Muli
LV _32	目宗黄玉米_1 Muzong yellow maize_1			察隅 Zayü			LV _92		糯包谷_2 Waxy corn_2					雷波 Leibo			LV _152			大黄包谷_15 Giant yellow corn_15		德昌 Dechang			LV _212		糯包谷_1 Waxy corn_1			德昌 Dechang			LV _272			墨白1号_4 Tuxpeno 1_4				普格 Puge			LV _332			蒙自玉米_3 Mengzi maize_3			乡城 Xiangcheng
LV _33	目宗黄玉米_2 Muzong yellow maize_2			察隅 Zayü			LV _93		黄包谷_6 Yellow corn_6					冕宁 Mianning			LV _153			黄包谷_1 Yellow corn_1		德昌 Dechang			LV _213		白糯包谷_3 White waxy corn_3			宁南 Ningnan			LV _273			大白包谷_3 Giant white corn_3				会理 Huili			LV _333			小白包谷_4 Small white corn_4			木里 Muli
LV _34	黄玉米_7 Yellow maize_7			芒康 Markam			LV _94		墨白1号_15 Tuxpeno 1_15					宁南 Ningnan			LV _154			白马牙_5 White dent corn_5		金阳 Jinyang			LV _214		白糯玉米_1 White waxy maize_1			雷波 Leibo			LV _274			底古花玉米 Digu coloured maize				普格 Puge			LV _334			小白包谷_5 Small white corn_5			木里 Muli
LV _35	梧桐白玉米_2 Wutong white maize_2			察隅 Zayü			LV _95		玉米_2 Maize_2					冕宁 Mianning			LV _155			白马牙_6 White dent corn_6		金阳 Jinyang			LV _215		细马牙 Small dent corn			金阳 Jinyang			LV _275			呷学白玉米_1 Gaxue white maize_1				乡城 Xiangcheng			LV _335			小粒包谷 Small sized corn			木里 Muli
LV _36	目宗黄玉米_3 Muzong yellow maize_3			察隅 Zayü			LV _96		包谷_3 Corn_3					西昌 Xichang			LV _156			黄二季早_2 Erjizao(yellow)_2		巧家 Qiaojia			LV _216		白糯玉米_2 White waxy maize_2			雷波 Leibo			LV _276			日堆白玉米 Ridui white maize				乡城 Xiangcheng			LV _336			玉米_3 Maize_3			木里 Muli
LV _37	梧桐白玉米_3 Wutong white maize_3			察隅 Zayü			LV _97		小白包谷_6 Small white corn_6					宁南 Ningnan			LV _157			白马牙_7 White dent corn_7		金阳 Jinyang			LV _217		小黄包谷_2 Small yellow corn_2			金阳 Jinyang			LV _277			日堆金黄早_1 Riduijinhuangzao_1				乡城 Xiangcheng			LV _337			足顶黄玉米_1 Zuding yellow maize_1			木里 Muli
LV _38	目宗黄玉米_4 Muzong yellow maize_4			察隅 Zayü			LV _98		白玉米_17 White maize_17					喜德 Xide			LV _158			白马牙_8 White dent corn_8		金阳 Jinyang			LV _218		二饭早_1 Erfanzao_1			雷波 Leibo			LV _278			日堆金黄早_2 Riduijinhuangzao_2				乡城 Xiangcheng			LV _338			白包谷_10 White corn_10			盐源 Yanyuan
LV _39	热光黄玉米_5 Reguang yellow maize_5			乡城 Xiangcheng			LV _99		黄糯包谷_8 Yellow waxy corn_8					昭觉 Yuexi			LV _159			黄包谷_2 Yellow corn_2		甘洛 Ganluo			LV _219		白马牙_1 White dent corn_1			布拖 Butuo			LV _279			日堆金黄早_3 Riduijinhuangzao_3				乡城 Xiangcheng			LV _339			白包谷_11 White corn_11			盐源 Yanyuan
LV _40	梧桐白玉米_4 Wutong white maize_4			察隅 Zayü			LV _100		白糯玉米_3 White waxy maize_3					美姑 Meigu			LV _160			红玉米_4 Red maize_4		美姑 Meigu			LV _220		二饭早_2 Erfanzao_2			雷波 Leibo			LV _280			日堆金黄早_4 Riduijinhuangzao_4				乡城 Xiangcheng			LV _340			白乌白Baiwubai			盐源 Yanyuan
LV _41	荣玉玉米_1 Rongyu maize_1			察隅 Zayü			LV _101		大黄包谷_20 Giant yellow corn_20					喜德 Xide			LV _161			黄糯包谷_6 Yellow waxy corn_6		美姑 Meigu			LV _221		小白包谷_1 Small white corn_1			德昌 Dechang			LV _281			足顶黄玉米_2 Zuding yellow maize_2				乡城 Xiangcheng			LV _341			白玉白_2 Baiyubai_2			盐源 Yanyuan
编号 Code		名称 Name			来源 Source			编号 Code			名称 Name		来源 Source			编号 Code			名称 Name				来源 Source			编号 Code		名称 Name			来源 Source			编号 Code			名称 Name	来源 Source				编号 Code			名称 Name		来源 Source
LV _42		荣玉玉米_2 Rongyu maize_2			察隅 Zayü			LV _102			红秆包谷 Red-stemmed corn		米易 Miyi			LV _162			黄二季早_3 Erjizao(yellow)_3				巧家 Qiaojia			LV _222		二季早_3 Erjizao_3			雷波 Leibo			LV _282			墨白1号_5 Tuxpeno 1_5	普格 Puge				LV _342			白玉白_3 Baiyubai_3		盐源 Yanyuan
LV _43		荣玉玉米_3 Rongyu maize_3			察隅 Zayü			LV _103			白玉1号 Baiyu NO.1		美姑 Meigu			LV _163			金黄早_5 Jinhuangzao_5				美姑 Meigu			LV _223		白玉2号 Baiyu NO.2			宁南 Ningnan			LV _283			小白包谷_7 Small white corn_7	普格 Puge				LV _343			蒙自玉米_4 Mengzi maize_4		乡城 Xiangcheng
LV _44		甲学白玉米 Jiaxue white maize			得荣 Derong			LV _104			白马牙_19 White dent corn_19		越西 Yuexi			LV _164			白包谷_2 White corn_2				雷波 Leibo			LV _224		二季子 Erjizi			雷波 Leibo			LV _284			白玉米_1 White maize_1	稻城 Daocheng				LV _344			热宫黄玉米_2 Regong yellow maize_2		乡城 Xiangcheng
LV _45		建英白玉米_1 Jianying white maize_1			得荣 Derong			LV _105			白糯包谷_4 White waxy corn_4		巧家 Qiaojia			LV _165			白马牙_9 White dent corn_9				金阳 Jinyang			LV _225		红包谷_1 Red corn_1			雷波 Leibo			LV _285			白玉米_2 White maize _2	稻城 Daocheng				LV _345			本地白包谷_2 Local white corn_2		盐源 Yanyuan
LV _46		建英白玉米_2 Jianying white maize_2			得荣 Derong			LV _106			白糯包谷_5 White waxy corn_5		巧家 Qiaojia			LV _166			黄二季早_9 Erjizao(yellow)_9				德昌 Dechang			LV _226		白马牙_2 White dent corn_2			布拖 Butuo			LV _286			呷学白玉米_2 Gaxue white maize_2	乡城 Xiangcheng				LV _346			本地白包谷_3 Local white corn_3		盐源 Yanyuan
LV _47		建英白玉米_3 Jianying white maize_3			得荣 Derong			LV _107			白玉3号 Baiyu NO.3		美姑 Meigu			LV _167			白玉米_9 White maize_9				雷波 Leibo			LV _227		资达白玉米 Zida white maize			德昌 Dechang			LV _287			白玉米_3 White maize _3	稻城 Daocheng				LV _347			本地黄玉米_5 Local yellow maize_5		盐源 Yanyuan
LV _48		荣玉玉米_4 Rongyu maize_4			察隅 Zayü			LV _108			大白包谷_12 Giant white corn_12		西昌 Xichang			LV _168			白玉米_4 White maize_4				金阳 Jinyang			LV _228		资达红血丝 Zida red blood			德昌 Dechang			LV _288			固松白玉米_2 Gusong white maize_2	乡城 Xiangcheng				LV _348			大白包谷_13 Giant white corn_13		盐源 Yanyuan
LV _49		日堆金早Riduijinzao			得荣 Derong			LV _109			白马牙_20 White dent corn_20		越西 Yuexi			LV _169			白包谷_3 White corn_3				雷波 Leibo			LV _229		白玉4号 Baiyu NO.4			宁南 Ningnan			LV _289			火白早_1 Huobaizao_1	乡城 Xiangcheng				LV _349			大白包谷_14 Giant white corn_14		盐源 Yanyuan
LV _50		绒组玉米_1 Rongzu maize_1			得荣 Derong			LV _110			白糯包谷_6 White waxy corn_6		巧家 Qiaojia			LV _170			丹红_1 Danhong_1				金阳 Jinyang			LV _230		白玉米_14 White maize_14			布拖 Butuo			LV _290			热光黄玉米_1 Reguang yellow maize_1	稻城 Daocheng				LV _350			大白包谷_15 Giant white corn_15		盐源 Yanyuan
LV _51		绒组玉米_2 Rongzu maize_2			得荣 Derong			LV _111			黄糯包谷_1 Yellow waxy corn_1		雷波 Leibo			LV _171			黄二季早_4 Erjizao(yellow)_4				巧家 Qiaojia			LV _231		白玉米_5 White maize_5			雷波 Leibo			LV _291			热光黄玉米_2 Reguang yellow maize_2	稻城 Daocheng				LV _351			大白包谷 Giant white corn		盐源 Yanyuan
LV _52		绒组玉米_3 Rongzu maize_3			得荣 Derong			LV _112			黄糯包谷_2 Yellow waxy corn_2		雷波 Leibo			LV _172			绒佐玉米 Rongzuo maize				木里 Muli			LV _232		大黄包谷_17 Giant yellow corn_17			布拖 Butuo			LV _292			牙垭白玉米_1 Yaya white maize_1	稻城 Daocheng				LV _352			大黄包谷_6 Giant yellow corn_6		盐源 Yanyuan
LV _53		大黄包谷_9 Giant yellow corn_9			永德 Yongde			LV _113			白玉5号 Baiyu NO.5		美姑 Meigu			LV _173			丹红_2 Danhong_2				金阳 Jinyang			LV _233		红包谷_2 Red corn_2			雷波 Leibo			LV _293			牙垭白玉米_2 Yaya white maize_2	稻城 Daocheng				LV _353			大黄包谷_7 Giant yellow corn_7		盐源 Yanyuan
LV _54		大黄包谷_10 Giant yellow corn_10			永德 Yongde			LV _114			大白包谷_10 Giant white corn_10		巧家 Qiaojia			LV _174			二季早_1 Erjizao_1				金阳 Jinyang			LV _234		资达红玉米 Zida red maize			德昌 Dechang			LV _294			牙垭白玉米_3 Yaya white maize_3	稻城 Daocheng				LV _354			大黄包谷_8 Giant yellow corn_8		盐源 Yanyuan
LV _55		大黄包谷_11 Giant yellow corn_11			永德 Yongde			LV _115			黄糯包谷_3 Yellow waxy corn_3		雷波 Leibo			LV _175			黄二季早_5 Erjizao(yellow)_5				巧家 Qiaojia			LV _235		红包谷_3 Red corn_3			雷波 Leibo			LV _295			七匹草_5 Qipicao_5	盐源 Yanyuan				LV _355			花包谷_1 Coloured corn_1		盐源 Yanyuan
LV _56		小八路_1 Eight-rowed corn_1			永德 Yongde			LV _116			大白包谷_11 Giant white corn_11		巧家 Qiaojia			LV _176			白包谷_4 White corn_4				雷波 Leibo			LV _236		白玉7号 Baiyu NO.7			宁南 Ningnan			LV _296			白包谷_6 White corn_6	木里 Muli				LV _356			热光黄玉米_3 Reguang yellow maize_3		乡城 Xiangcheng
LV _57		小八路_2 Eight-rowed corn_2			永德 Yongde			LV _117			白玉米_13 White maize_13		美姑 Meigu			LV _177			百日早_1 Bairizao_1				雷波 Leibo			LV _237		大白包谷_8 Giant white corn_8			宁南 Ningnan			LV _297			白包谷_7 White corn_7	木里 Muli				LV _357			花包谷_2 Coloured corn_2		盐源 Yanyuan
LV _58		小八路_3 Eight-rowed corn_3			永德 Yongde			LV _118			黄糯包谷_4 Yellow waxy corn_4		雷波 Leibo			LV _178			黄二季早_6 Erjizao(yellow)_6				巧家 Qiaojia			LV _238		大黄包谷_14 Giant yellow corn_14			宁南 Ningnan			LV _298			白马牙_15 White dent corn_15	木里 Muli				LV _358			花包谷_3 Coloured corn_3		盐源 Yanyuan
LV _59		小八路_4 Eight-rowed corn_4			永德 Yongde			LV _119			黄糯包谷_5 Yellow waxy corn_5		雷波 Leibo			LV _179			墨白1号_6 Tuxpeno 1_6				巧家 Qiaojia			LV _239		墨白1号_11 Tuxpeno 1_11			布拖 Butuo			LV _299			白马牙_16 White dent corn_16	木里 Muli				LV _359			八路糯玉米 Eight-rowed waxy maize		永德 Yongde
LV _60		荣玉玉米_5 Rongyu maize_5			察隅 Zayü			LV _120			花包谷_6 Coloured corn_6		西昌 Xichang			LV _180			百日早_2 Bairizao_2				雷波 Leibo			LV _240		墨白1号_12 Tuxpeno 1_12			布拖 Butuo			LV _300			白玉白_1 Baiyubai_1	木里 Muli				LV _360			花包谷_4 Coloured corn_4		盐源 Yanyuan

类型Type	数量Number	百分比Percentage/%
high	1 674	0.174 9
low	91 776	9.587 2
moderate	63 458	6.629 0
modifier	800 364	83.608 8
missense	63 654	44.469 8
nonsense	836	0.584 0
silent	78 650	54.946 2

类型Type	数量Number	百分比Percentage/%
high	1 674	0.174 9
low	91 776	9.587 2
moderate	63 458	6.629 0
modifier	800 364	83.608 8
missense	63 654	44.469 8
nonsense	836	0.584 0
silent	78 650	54.946 2

变异发生区域 Region	数量 Number	百分比 Percentage/%
基因下游Downstream	215 463	22.508 0
外显子Exon	142 432	14.878 9
基因间区Intergenic	41 114	4.294 9
内含子Intron	313 924	32.793 6
剪接受体位点Splice_site_acceptor	278	0.029 0
剪接供体位点Splice_site_donor	364	0.038 0
剪接位点区域Splice_site_region	12 553	1.311 3
转录本Transcript	74	0.007 7
基因上游Upstream	140 464	14.673 4
3'UTR区域Utr_3_prime	53 668	5.606 3
5'UTR区域Utr_5_prime	36 938	3.858 7

基于GBS测序的全基因组SNP揭示大凉山玉米地方品种资源的亲缘关系与遗传分化

Phylogenetic relationship and genetic differentiation of maize landraces revealed by genome-wide SNP developed by genotyping-by-sequencing in Daliangshan Mountain area, China

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变异类型Variation type	数量Number	百分比Percentage/%
3'UTR区域变异3_Prime_UTR_variant	53 668	5.606 3
5'UTR区域提前获得起始密码子变异5_Prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant	1 633	0.170 6
5'UTR区域变异5_Prime_UTR_variant	35 305	3.688 1
下游基因变异Downstream_gene_variant	215 463	22.508 0
基因间区Intergenic_region	41 114	4.294 9
内含子变异Intron_variant	313 924	32.793 6
错义突变Missense_variant	62 806	6.560 9
错义突变与剪接区域变异Missense_variant+splice_region_variant	652	0.068 1
非编码外显子变异Non_coding_exon_variant	426	0.044 5
剪接受体变异与内含子变异Splice_acceptor_variant+intron_variant	278	0.029 0
剪接供体变异与内含子变异Splice_donor_variant+intron_variant	364	0.038 0
剪接区域变异Splice_region_variant	949	0.099 1
剪接区域变异与内含子变异Splice_region_variant+intron_variant	10 538	1.100 8
剪接区域变异与非编码外显子变异Splice_region_variant+non_coding_exon_variant	5	0.000 5
双剪接区域变异与内含子变异Splice_region_variant+splice_region_variant+intron_variant	1	0.000 1
变异类型Variation type	数量Number	百分比Percentage/%
剪接区域变异与终止密码子保留变异Splice_region_variant+stop_retained_variant	3	0.000 3
剪接区域变异与同义突变Splice_region_variant+synonymous_variant	1 057	0.110 4
起始密码子丢失Start_lost	73	0.007 6
起始密码子丢失与剪接区域变异Start_lost+splice_region_variant	1	0.000 1
终止密码子获得Stop_gained	797	0.083 3
终止密码子获得与剪接区域变异Stop_gained+splice_region_variant	39	0.004 1
终止密码子丢失Stop_lost	111	0.011 6
终止密码子丢失与剪接区域变异Stop_lost+splice_region_variant	11	0.001 1
终止密码子保留变异Stop_retained_variant	57	0.006 0
同义突变Synonymous_variant	77 533	8.099 4
上游基因变异Upstream_gene_variant	140 464	14.673 4

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