擎天凤梨GAPDH基因的克隆及序列分析

›› 2010, Vol. 22 ›› Issue (6): 722-726.

擎天凤梨GAPDH基因的克隆及序列分析

刘建新,张智,丁华侨,葛亚英,王炜勇

浙江省农业科学院花卉研究开发中心, 浙江杭州 311202

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2010-11-25 发布日期:2010-11-25

Cloning and sequence analysis of GAPDH gene from Guzmania

LIU Jian-xin;ZHANG Zhi;DING Hua-qiao;GE Ya-ying;WANG Wei-yong

Research & Development Centre of Flower, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou 311202, China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2010-11-25 Published:2010-11-25

摘要/Abstract

摘要： 管家基因GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)常被用作定量、半定量PCR试验的内参,以确定目标基因的相对表达量。基于前期从全长cDNA文库中获得GAPDH基因的EST单克隆,进行Primer Walking测序,获得一个GAPDH的全长cDNA序列,序列长1 790 bp,编码421个蛋白氨基酸,命名为GoGAPDH1。采用Blast,ExPASy,ProtParam,SPOMA,Find Conserved Domains(NCBI),ClustalX, MEGA等生物信息学软件对cDNA 序列、氨基酸序列、保守区、亲缘关系等特征进行分析。结果表明，GoGAPDH1与玉米的细胞质GAPDH基因源性最高，为82%。初步推断GoGAPDH1可能是一个胞质型GAPDH。

关键词: 擎天凤梨, GAPDH, 克隆

Abstract: House keeping gene GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) was often used as inner control in quantitative or semi-quantitative PCR test to determine relative expressive amount of target genes. Based on EST monoclones of GAPDH gene obtained from Guzmania full length cDNA library, its full length cDNA sequence was obtained by Primer Walking sequencing. The gene, designated GoGAPDH1, was 1 790 bp in length encoding 421 amino acids. Some characters involving in cDNA sequence, amino acid sequence, conservative domain and genetic relationship were analyzed by Blast, ExPASy, ProtParam, SPOMA, Find Conserved Domains(NCBI), ClustalX and MEGA softwares． The results showed that GoGAPDH1 shared 82% similarity with cytoplasmic GAPDH in maize, which indicated that GoGAPDH1 might be a cytoplasmic GAPDH.

Key words: Guzmania(Guzmania Ruiz&, Pav), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, clone

刘建新;张智;丁华侨;葛亚英;王炜勇. 擎天凤梨GAPDH基因的克隆及序列分析[J]. , 2010, 22(6): 722-726.

LIU Jian-xin;ZHANG Zhi;DING Hua-qiao;GE Ya-ying;WANG Wei-yong. Cloning and sequence analysis of GAPDH gene from Guzmania[J]. , 2010, 22(6): 722-726.

[1]	何佳琦, 翟莹, 张军, 邱爽, 李铭杨, 赵艳, 张梅娟, 马天意. 大豆转录因子GmDof1.5的克隆与非生物胁迫诱导表达[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(1): 1-7.
[2]	苏学思, 张玉宝, 王若愚, 王亚军, 唐国亮, 金卫杰. 车前草花叶病毒衣壳蛋白的原核表达和多克隆抗体制备[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(1): 104-111.
[3]	刘金玉, 黄鹰. 粟酒裂殖酵母SpTrz2蛋白全长和N端的原核表达与多克隆抗体制备[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(1): 34-42.
[4]	王伟科, 陆娜, 闫静, 宋吉玲, 袁卫东, 周祖法. 秀珍菇S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因(PpSAMS)的克隆与表达分析[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(1): 62-68.
[5]	杜炎斌, 张港琛, 王瑜欣, 刘宝宝, 宫胜龙, 东笑, 汪洋. 猪链球菌rpoE基因克隆及生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(7): 1149-1154.
[6]	孙瑞萍, 王峰, 晁哲, 刘海隆, 邢漫萍, 刘圈炜, 黄丽丽, 郑心力, 魏立民. 屯昌猪PDK4基因克隆及其组织表达分析[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(6): 978-985.
[7]	王伟科, 宋吉玲, 陆娜, 袁卫东, 闫静, 陈观平. 秀珍菇原基形成相关基因PpFBD1的克隆与表达研究[J]. 浙江农业学报, 2020, 32(1): 93-97.
[8]	张浩杰, 刘梅, 李春燕, 何冉, 兰景超, 罗娌, 古小彬, 谢跃, 杨光友. 犬恶丝虫核苷二磷酸激酶(NDPK)基因的原核表达及其免疫荧光定位[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(9): 1453-1460.
[9]	刘加林, 刘士力, 蒋文枰, 程顺, 迟美丽, 郑建波, 贾永义, 赵金良, 尹绍武, 顾志敏. 河川沙塘鳢GH基因及侧翼的克隆与生物信息学分析[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(9): 1461-1470.
[10]	潘传燕, 林勇, 冯鹏霏, 张永德, 罗洪林. 尼罗罗非鱼Hsc70的原核表达和多克隆抗体制备[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(8): 1272-1279.
[11]	张爱菊, 刘士力, 刘金殿, 张根芳, 周志明. 一种三角帆蚌肌浆网Ca²⁺-ATP酶基因cDNA的全长克隆与表达分析[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(4): 545-555.
[12]	王静, 彭双, 胡圣, 卓维, 陈倩, 李立芹. 烟草质膜ATPase4基因的克隆、表达载体构建及表达分析[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(2): 173-181.
[13]	贡莎莎, 孟庆玲, 乔军, 钟文强, 黄运福, 张国武, 陈英, 才学鹏. 少孢节丛孢菌XJ-A1几丁质酶AO-483基因的克隆及生物学活性[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(2): 222-228.
[14]	张康, 张璇, 闫遵祥, 王磊, 张凯, 张景艳, 罗永江, 仇正英, 薛欢, 李建喜. 牛病毒性腹泻病毒Core蛋白的原核表达及多克隆抗体制备[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(11): 1819-1824.
[15]	陈官菊, 柴一秋, 厉晓腊, 方鸣, 刘又高, 金轶伟. 蝉拟青霉类枯草杆菌蛋白酶基因的克隆及其序列和蛋白质分析[J]. 浙江农业学报, 2019, 31(10): 1663-1670.