白菜谷胱甘肽过氧化物酶基因GPX的鉴定与分析

浙江农业学报

白菜谷胱甘肽过氧化物酶基因GPX的鉴定与分析

（1. 浙江省农业科学院蔬菜研究所，浙江杭州 310021; 2. 南京农业大学园艺学院，江苏南京 210095）

出版日期:2016-01-25 发布日期:2016-01-19

Identification and analysis of GPX genes in Chinese cabbage

（1. Institute of Vegetables， Zhejiang Academy of Agricultural Sciences， Hangzhou 310021， China; 2. College of Horticulture， Nanjing Agricultural University， Nanjing 210095， China）

Online:2016-01-25 Published:2016-01-19

摘要/Abstract

摘要： 为研究白菜谷胱甘肽过氧化物酶（Glutathione peroxidase，GPX）基因的生物学特征，从白菜全基因组数据库中筛选了10个GPX基因。基于公开的白菜转录组测序数据，分析了GPX基因在胚胎发育和器官中的表达情况，并且通过生物信息学手段对这10个GPX基因进行基因定位、启动子分析、基因结构、系统树构建和基因表达等研究。结果表明，BrGPX5基因的编码区中有6个内含子，其余基因均只有5个内含子，说明BrGPX5基因在进化过程中获得了一个内含子，导致氨基酸分子量增加；另外，每个GPX基因的启动子区都有2个及以上的E\|box元件。

关键词: 白菜, GPX基因, 启动子, 基因表达

Abstract: To study the biological characteristics of glutathione peroxidase （GPX） genes in cabbage， 10 GPX genes were screened from the whole genome database of cabbage. Then expression levels of these GPX genes were analyzed based on cabbage transcriptome RNA\|Seq data at embryonic development and in different organs. Meantime， gene mapping， promoter， gene structure， phylogenetic tree and expression level of these 10 GPX genes were studied using bioinformatics tools. The results showed that there were six introns in the coding region of BrGPX5， while other genes only had five introns， which indicated that BrGPX5 gene obtained an intron during evolution， resulting in increased molecular weight of the amino acid. In addition， there were two and above E-box elements in the promoter region of each GPX gene in Chinese cabbage.

Key words: Chinese cabbage, GPX genes, promoter, gene expression

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