薄荷内生细菌的多样性及组成分析
陈泽斌1,2,李冰3,*,王定康4,余磊1,徐胜光1,张永福1,任禛1
2016, 28(1):
56.
为了调查薄荷内生细菌种类多样性,应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S rDNA\|V4变异区序列,采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和α多样性,以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。薄荷(样品名BH)的Chao 1指数为226.0,Shannon多样性指数为2538。薄荷内生细菌分布于以下10个属:食酸菌属(Acidovorax,65.34%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,17.32%)、土地杆菌属(Pedobacter,5.88%)、甲基杆菌属(Methylobacterium,4.33%)、Luteolibacter属(1.94%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,153%)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium,1.30%)、金黄杆菌属(Chryseobacterium,0.92%)、黄杆菌属(Flavobacterium,0.78%)、Dyadobacter属(0.67%);薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属(Acidovorax,65.34%)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,17.32%)。Illumina MiSeq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。
相关文章 |
计量指标
|