北京鸭RIG\|I基因的克隆及其生物信息学分析
王同淑1,2,李传峰2,陈宗艳2,孟春春2,吴润1,*,刘光清1,2,*
2015, 27(5):
734.
摘要
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应用RT\|PCR方法,从北京鸭组织中扩增维甲酸诱导基因I(rerinotic acid inducible gene I, RIG\|I),用DNA Star等生物软件分析其所含的生物信息,并构建系统进化树。扩增出的北京鸭RIG\|I基因(GenBank登录号:KM455977)全长2 802 bp,编码933个氨基酸。RIG\|I具有RLR家族的典型特征,即N端含两个半胱天冬酶活化和募集结构域,C端包括RNA解旋酶,ATP结合结构域,RNA结合结构域和抑制结构域, RIG\|I蛋白二级结构以无规则卷曲和α\|螺旋为主。序列比对和系统进化分析结果表明,RIG\|I的序列在同种之间比较保守,与已报道的鸭RIG\|I的同源性高达98%以上;但与鹅RIG\|I同源性稍低,为959%; 与人、鼠、草鱼的同源性较低,分别为623%,615%,612%;与猪的同源性最低,仅为544%。成功克隆了鸭的RIG\|I基因,可为今后开展鸭的天然免疫研究及研发新型疫苗等奠定基础。
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